Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Przedsiębiorcy często rejestrują swoje działalności gospodarcze w swoim mieszkaniu lub domu, gdzie zamieszkują i prowadzą swoje gospodarstwa domowe. Jeśli w swoim miejscu zamieszkania prowadzi się działalność firmy tzn. pracuje i przyjmuje klientów, to w związku z tym przysługuje prawo do przeznaczenia części lokalu na siedzibę firmy. Jest wtedy możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych firmy odpowiednio wyliczonej części wydatków ponoszonych na lokal tj. czynsz, kredyt, media, wyposażenie czy remont.
Naczelny Sąd Administracyjny kontynuuje linię orzeczniczą, zgodnie z którą premie i nagrody wypłacane pracownikom z dochodów spółki po jej opodatkowaniu, stanowią koszt uzyskania przychodu. W uchwale 7 sędziów z 1 lutego 2016 roku powtórzył korzystną dla przedsiębiorców interpretację przepisów wedle której są to wydatki odliczane od przychodów, a więc zmniejszające dochód przed opodatkowaniem. W tej samej uchwale NSA zaznaczył też, że nie są kosztem uzyskania przychodów składki na ubezpieczenie społeczne oraz na Fundusz Pracy i na inne fundusze celowe utworzone na podstawie odrębnych ustaw - od nagród i premii, wypłacanych w gotówce lub w papierach wartościowych z dochodu po opodatkowaniu podatkiem dochodowym.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Czy do kosztów uzyskania przychodów można zaliczyć towary handlowe, które utraciły wartość handlową, nie zostały sprzedane z przyczyn obiektywnych, niezawinionych przez przedsiębiorcę? Czy możemy zaliczyć do tej kategorii produkty mające krótki termin przydatności do spożycia, towary sezonowe lub towary, które przez swoje wady utrudniają sprzedaż?
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Koszty organizacji spotkania świątecznego o charakterze motywacyjnym i integracyjnym dla pracowników podatnika, będą mogły być uznane za koszty podatkowe, gdyż mają związek z osiąganiem przychodów przez pracodawcę oraz zabezpieczeniem ich źródeł. Zaliczenie do kosztów podatkowych przedmiotowych wydatków powinno być poparte stosowną dokumentacją świadczącą o dominującym integracyjnym oraz motywacyjnym aspekcie spotkania. Konieczne jest dysponowanie nie tylko fakturami potwierdzającymi zakup towarów i usług, ale również dokumentami określającymi przebieg spotkania, np. program lub agendę, który wskazywałby na jego cel i charakter.
