Nowe przepisy w zakresie VAT, które obowiązują od początku tego roku, pozwalają urzędnikom stosunkowo łatwo wykreślić podatnika z rejestru VAT, nawet go o tym nie informując. Takie konsekwencje wywołać może przyjęcie faktury VAT od kontrahenta, który nigdy nie był czynnym podatnikiem lub przestał nim być. Aby ustrzec się przed nimi, należy odpowiednio wcześnie weryfikować kontrahentów w bazach VIES i NIP.
Klauzula obejścia prawa podatkowego, która obowiązuje od lipca ubiegłego roku, dotyczy zarówno wszystkich firm, jak i osób fizycznych, choć w założeniu wymierzona była w większe firmy unikające opodatkowania. Stanowi to duży kłopot dla firm z sektora małych i średnich przedsiębiorstw, ponieważ to głównie małe firmy mają problem z uzyskaniem od Krajowej Informacji Skarbowej interpretacji indywidualnych.
Wierzytelność będąca nadpłatą podatku, powstałą na gruncie przepisów Ordynacji podatkowej, może zostać zajęta w postępowaniu egzekucyjnym prowadzonym przez komornika sądowego lub administracyjny organ egzekucyjny. Jednak w pierwszej kolejności nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dlatego organ podatkowy przed przekazaniem nadpłaty na realizację zajęcia wierzytelności zobowiązany jest do dokonania analizy, czy na podatniku ciążą zaległości i wymagalne zobowiązania podatkowe.