Zarówno podatnicy, jak i przedstawiciele fiskusa zgadzają się co do jednego: prawo podatkowe nie może demoralizować. Z takim skutkiem mamy do czynienia wówczas, gdy niektórzy podatnicy działający w granicach prawa osiągają szczególne korzyści podatkowe, w których nie powinni partycypować. Przeciwdziałanie takim praktykom jest konieczne. Jednak wprowadzanie do systemu podatkowego nowych rozwiązań, które nie są wystarczająco skonkretyzowane, nie będzie skuteczne. Może doprowadzić do tego, że podatnicy faktycznie nadużywający prawa dalej będą to robili, może mniej jawnie, może z nieco większymi kosztami i ryzykiem, ale jednak. Rykoszetem za to dostaną uczciwi przedsiębiorcy. Taki skutek może mieć wprowadzona właśnie do ustawy o VAT klauzula nadużycia prawa.
Z uwagi na ilość i różnorodność działań, które na co dzień realizują przedsiębiorstwa, pliki JPK mogą zawierać ogromną ilość danych, powiązanych z fakturami, zapisami w rejestrach zakupu i sprzedaży VAT, dokumentami magazynowymi, wyciągami bankowymi czy zapisami księgowymi. Jak zatem przygotować i skutecznie dostarczyć organom podatkowym pliki JPK?
20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
Metoda obrotowa stosowania preproporcji, w przeciwieństwie do niewprowadzonej do ustawy o podatku od towarów i usług metody przychodowej, skupiać się musi na czynnej sferze działalności podatników, tj. wykonywanych czynnościach, aktywnościach stanowiących działalność gospodarczą, a nie na stronie biernej, czyli otrzymywanych z różnych tytułach przychodach. Te stanowią wyłącznie kategorię pomocniczą do zastosowania tej metody i nie można brać pod uwagę tych z nich, które związane są z prowadzeniem działalności gospodarczej w rozumieniu tej ustawy.