20 czerwca 2016 r. minister finansów wydał interpretację ogólną, w której stwierdził, że do podmiotów, prowadzących księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy (chodzi tu m.in. o jednostki samorządu terytorialnego, fundacje, stowarzyszenia), należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe do wdrożenia Jednolitego Pliku Kontrolnego, jakie zostały przewidziane dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców.
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.