Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego to konieczne, bo zwykłe organy ścigania są za słabe na zlikwidowanie systemu wyłudzeń. Ów "system", mimo zmiany rządu, istnieje w dalszym ciągu i chwali się (publicznie!), że zablokuje uchwalenie nowej ustawy o podatku od towarów i usług (projekt PiS), który likwiduje wszystkie sukcesy lobbystyczne klienteli liberalnych polityków.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Planowane unijne przepisy w sprawie wymiany informacji o decyzjach podatkowych krajów członkowskich to stracona okazja do tego, by uczynić duży krok naprzód w walce z agresywnym planowaniem podatkowym i nieuczciwą konkurencją podatkową - ocenili europosłowie. Zdaniem eurodeputowanych przepisy nie idą dość daleko, bo ich zakres został ograniczony tylko do orzeczeń podatkowych o znaczeniu transgranicznym, a także nie będą mieć mocy retroaktywnej - będą mieć zastosowanie do decyzji wydanych po 31 grudnia 2016 r., a wyjątkowo także do tych, które zostały wydane, poprawione albo wznowione między 2012 a 2016 r.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.
Z perspektywy interesów Skarbu Państwa, za najbardziej szkodliwy rodzaj oszustw podatkowych uznać należy wyłudzenia zwrotów podatku od towarów i usług. O ile bowiem np. zatajenie przed fiskusem osiągniętego w danym okresie rozliczeniowym dochodu wiąże się jedynie z uszczupleniem dochodów budżetowych państwa, podkreślić należy, iż wyłudzenie podatku VAT dodatkowo te dochody zmniejsza. Nie dość bowiem, że oszust podatkowy nie uiszcza należnej daniny, to jeszcze uzyskuje od Skarbu Państwa środki, które mu się faktycznie nie należą. Korzyści związane z tego typu działalnością przestępczą znajdują więc swoje źródła w budżecie państwa, a każda kwota wyłudzona przez oszustów wiąże się ze zmniejszeniem środków przekazywanych przez państwo na inne, społecznie istotne cele. Na oszustach vatowskich tracimy więc wszyscy.
Ustawa o VAT zabrania odliczania podatku naliczonego przy nabyciu m.in. bonów towarowych, usług noclegowych i gastronomicznych, usług finansowych, czy usług, które nie zostały wykonane. Ponadto odpowiadamy na pytania czy można odliczyć VAT: z faktury za odszkodowanie, od zaliczki zapłaconej za niezabudowaną działkę, z faktur z okresu przed rejestracją do VAT, a także czy organizacja pożytku publicznego może odliczyć VAT.
