Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
Jednym ze sposobów prowadzenia działań marketingowych jest przekazywanie ekspozytorów reklamowych, np. regału z logiem podatnika, współpracującym z nim podmiotom. Z różnych względów, podatnicy mogą nie chcieć przekazywać takich ekspozytorów na własność, np. w drodze darowizny. Alternatywą jest w takim przypadku użyczenie (nieodpłatne udostępnienie), kiedy to przekazujący cały czas dysponuje prawami do ekspozytora. Co więcej, działanie takie jest korzystne pod względem podatku VAT.
System STIR, który ma zacząć działać w 2018 r., będzie wykorzystywał informacje zgromadzone na rachunkach bankowych firm. Dane przekazywane do STIR będą dotyczyły rachunków firmowych niezależnie od tego, czy ich właścicielem jest czynny podatnik VAT czy podatnik zwolniony z VAT. Chodzi o dane z kont zarówno dużych przedsiębiorstw, jaki i właścicieli mikrofirm, czyli o transakcje dokonywane pomiędzy 2,48 mln przedsiębiorców.
Profesor Witold Modzelewski uważa, że dobrowolna, ustawowa restrukturyzacja zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług jest niezbędnym, historycznym przedsięwzięciem i szansą dla uczciwych podatników. Taka restrukturyzacja ustawa miałaby zastosowanie wyłącznie do podmiotów, wobec których nie zostało jeszcze wszczęte postępowanie podatkowe i dotyczyłaby trzech sfer, tj. zaległości podatkowej, odsetek oraz karalności czynu – posłużenia się nierzetelnymi fakturami.
Określenie zasad opodatkowania świadczeń realizowanych na podstawie kontraktów menedżerskich z punktu widzenia przepisów ustawy o VAT wymaga rozstrzygnięcia, czy czynności menedżera mogą być uznane za samodzielnie wykonywaną działalność gospodarczą. Konieczne jest więc ustalenie, czy treść zawartego kontraktu menedżerskiego tworzy stosunek prawny właściwy dla umów o pracę, a w konsekwencji pozostaje poza zakresem VAT, czy też wykracza ona poza obowiązki wynikające z takiej umowy, a świadczenia menedżera powinny być traktowane jak samodzielnie wykonywana działalność gospodarcza. Jednym z podstawowych kryteriów rozstrzygnięcia tej kwestii jest odpowiedzialność zleceniodawcy wobec osób trzecich z tytułu czynności wykonywanych przez menedżera.