Obowiązek skorygowania odpisów amortyzacyjnych od wydatków, które zostały sfinansowane dotacją, dotyczy tych sytuacji, gdy te środki pomocowe zostały już faktycznie otrzymane. A zatem, dopiero po otrzymaniu dotacji należy określić, jaka wartość odpisów dotychczas zaliczonych do kosztów powinna być z kosztów wyłączona, zaś następnie o tę kwotę należałoby zmniejszyć koszty bieżące, a nie dokonywać wstecznej korekty kosztów z tytułu odpisów amortyzacyjnych.
Regulacje w zakresie opodatkowania dochodów zagranicznych spółek kontrolowanych, Controlled Foreign Corporation (CFC), przewidują, że dochody spółek zależnych podlegają opodatkowaniu również w kraju siedziby ich bezpośrednich lub pośrednich udziałowców, niezależnie od opodatkowania ich w jurysdykcji krajowej spółki zależnej. Co istotne opodatkowanie następuje bez względu na to, czy zagraniczna spółka zależna wypłaca wygenerowane zyski polskiemu udziałowcowi.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
Dla powstania obowiązku poboru podatku u źródła wystarczające jest, że podmiot dokonujący wypłaty należności jest polskim podatnikiem. Innymi słowy, jedyna przesłanka opodatkowania dochodów nierezydentów w Polsce jest taka, aby osiągnięty został na terytorium RP, co znaczy, że ich źródło znajduje się na terenie Polski. Nieuzasadnione jest doszukiwanie się dalszych warunków, których spełnienie wymagane jest do opodatkowania takiego dochodu podatkiem u źródła.
Naczelny Sąd Administracyjny kontynuuje linię orzeczniczą, zgodnie z którą premie i nagrody wypłacane pracownikom z dochodów spółki po jej opodatkowaniu, stanowią koszt uzyskania przychodu. W uchwale 7 sędziów z 1 lutego 2016 roku powtórzył korzystną dla przedsiębiorców interpretację przepisów wedle której są to wydatki odliczane od przychodów, a więc zmniejszające dochód przed opodatkowaniem. W tej samej uchwale NSA zaznaczył też, że nie są kosztem uzyskania przychodów składki na ubezpieczenie społeczne oraz na Fundusz Pracy i na inne fundusze celowe utworzone na podstawie odrębnych ustaw - od nagród i premii, wypłacanych w gotówce lub w papierach wartościowych z dochodu po opodatkowaniu podatkiem dochodowym.
