Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Koszt zlikwidowanych zapasów magazynowych (surowców, materiałów, części zamiennych, itp.), które straciły przydatność i nie ma możliwości ich wykorzystania do produkcji urządzeń (świadczenia usług), czy do serwisowania, można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów.