Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Ponad 100 usprawnień dla firm, głównie mikro, małych i średnich, przewiduje pierwszy pakiet proprzedsiębiorczy, który przedstawił 9 czerwca 2016 r. wicepremier, minister rozwoju Mateusz Morawiecki. Proponowane rozwiązania realizują zapowiedzianą w Planie na rzecz Odpowiedzialnego Rozwoju poprawę otoczenia prawnego funkcjonowania przedsiębiorstw. Propozycje zawarte w pakiecie przewidują m.in.: bardziej przyjazne relacje na linii państwo-obywatel (reforma procedur administracyjnych), mniej uciążliwe kontrole i ochronę przed zmianami interpretacji prawa, złagodzenie przepisów prawa pracy wobec małych przedsiębiorców, płynną sukcesję jednoosobowych firm, łatwiejsze odzyskiwanie długów (pakiet dla wierzyciela), ułatwienia w prowadzeniu działalności gospodarczej, poddanie szerokiej dyskusji koncepcji spółki dedykowanej start-upom, reformę Głównego Urzędu Miar.