Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Zdaniem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zarówno ogólna systematyka, jak i cel Dyrektywa Rady 2003/96/WE opierają się na zasadzie, według której produkty energetyczne są opodatkowane zgodnie z ich faktycznym wykorzystaniem. A zatem zastosowanie stawki akcyzy na olej opałowy jak dla paliwa napędowego w wyniku naruszenia warunku formalnego, podczas gdy faktyczne zużycie tego oleju na cele opałowe nie budzi wątpliwości, godzi w tę systematykę i cel, a przez to jest niezgodne z przepisami unijnymi.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
W związku z finansowaniem wczasów ze środków ZFŚS może dojść do dwóch sytuacji, rodzących różne skutki w VAT. Jeżeli pracodawca finansuje pracownikom usługi nabyte od innych podmiotów, wówczas nie działa jako podatnik VAT, a zatem czynność ta pozostaje poza zakresem opodatkowania VAT. Natomiast gdy pracodawca funduje pracownikom wczasy w ośrodku wypoczynkowym należącym do niego, tj. usługę wykonywaną przez pracodawcę w ramach działalności gospodarczej, wtedy działa jako podatnik i wykonuje czynności opodatkowane VAT.
Komisja Europejska przedstawiła projekt dyrektywy, która przewiduje, że duże międzynarodowe firmy działające w Unii Europejskiej będę musiały ujawniać informacje na temat podatku płaconego w każdym państwie unijnym. KE chce również by korporacje przedstawiały, na tej samej zasadzie co w UE, informacje odnoszące się do krajów, które nie przestrzegają zasad ładu podatkowego (tzw. rajów podatkowych) oraz zagregowanych informacji dotyczących innych państw.