W obrocie gospodarczym często zdarzają się sytuacje, które wymagają zmodyfikowania informacji znajdujących się na fakturze, mających wpływ na wymiar podatku dochodowego. Rodzi to konieczność wystawienia faktury korygującej. Należy przy tym pamiętać, że dokonanie korekty faktury nie dokumentuje nowego zdarzenia gospodarczego, dlatego w przypadku gdy faktura wystawiona jest w walucie obcej, do przeliczenia widniejących na niej kwot zastosowanie znajdzie kurs waluty, który był właściwy dla faktury pierwotnej. Bez wpływu na taki stan rzeczy pozostaje zmiana przepisów wprowadzona 1 stycznia 2016 r., dotycząca ujęcia momentu korekty przychodów i kosztów.
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.