Faktura VAT, Ordynacja podatkowa

Jedno jest pewne: od 1 lutego 2026 r. „otrzymanie” faktury VAT przy pomocy Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) nie będzie z istoty wywoływać skutków cywilnoprawnych. Dlatego strony umów muszą wymyślić inną formę uznania zobowiązania z tytułu zapłaty na rzecz dostawy towaru lub usługodawców – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

W wyjaśnieniach przesłanych 9 czerwca 2025 r.do naszej redakcji, Ministerstwo Finansów wyjaśnia, że w decyzji derogacyjnej dot. obowiązkowego modelu KSeF, Polska została upoważniona – w przypadku podatników mających siedzibę na jej terytorium – do akceptowania wyłącznie tych faktur, które zostały wystawione w postaci dokumentów lub not w formie elektronicznej. Ponadto została upoważniona do wprowadzenia przepisów zakładających, że stosowanie faktur elektronicznych wystawianych na terytorium Polski nie jest uzależnione od akceptacji odbiorcy. Jak wskazuje Ministerstwo, Komisja Europejska zastrzegła (co zostało potwierdzone przez Radę UE), że przyznane Polsce upoważnienie dotyczące wprowadzenia obowiązkowego fakturowania elektronicznego nie powinno naruszać prawa klientów do otrzymywania faktur papierowych w przypadku transakcji wewnątrzwspólnotowych.

Ministerstwo Finansów dość wolno prowadzi prace legislacyjne nad nowelizacją ustawy o VAT dotyczącą wdrożenia obowiązkowego modelu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Od listopada zeszłego roku - kiedy to zakończyły się konsultacje projektu - nie widać żadnych postępów. Jeden z posłów zapytał ministra finansów o aktualny harmonogram prac legislacyjnych w tym zakresie a także czy minister ma zamiar przesunięcia terminów wejścia w życie obowiązkowego KSeF? W dniu 31 marca 2025 r. minister finansów odpowiedział na te pytania.

Odpowiedzialność podatników VAT za „puste” lub nierzetelne faktury wywołuje od dłuższego czasu spore kontrowersje, szczególnie gdy wystawcą był pracownik. Po korzystnym wyroku TSUE pracodawca może uwolnić się od obowiązku zapłaty VAT wynikającego z faktur wystawionych przez nieuczciwych pracowników. Wymaga to jednak od niego dochowania należytej staranności przy kontrolowaniu poczynań pracowników. NSA w wyroku z 3 września 2024 r. (sygn. akt I FSK 1212/18) uznał, że pracodawca nie dochował staranności, skoro proceder trwał przez dłuższy okres (ponad 3 lata).

W dniu 7 kwietnia 2025 r. w Wykazie prac legislacyjnych i programowych Rady Ministrów opublikowano założenia dwóch projektów nowelizacji Ordynacji podatkowej. Pierwszy ma dotyczyć wprowadzenia zasady co najmniej 6-miesięcznego vacatio legis dla zmian przepisów podatkowych. Druga nowelizacja ma wzmocnić zasadę rozstrzygania spraw podatkowych na korzyść podatników. Jeśli w wyniku postępowania dowodowego nie uda się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego, organy skarbowe będą musiały je rozstrzygnąć na korzyść podatnika.

Trwają prace legislacyjne nad zmianami w ordynacji podatkowej. W dniu 28 marca 2025 r. opublikowany został projekt bardzo obszernej nowelizacji Ordynacji podatkowej i kilkunastu innych ustaw. Zmiany mają wejść w życie 1 stycznia 2026 r. a jedną z nich jest zniesienie wymogu składania wniosku o stwierdzenie nadpłaty w przypadku, gdy nadpłata wynika ze skorygowanego zeznania podatkowego (deklaracji).

Sejm uchwalił 20 lutego 2025 r. nowelizację Ordynacji podatkowej i kilku innych ustaw, który ma na celu dostosowania polskiego prawa do dwóch wyroków Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE). Nowe przepisy przewidują, że m.in. w procedurze podatkowej, administracyjnej, cywilnej, można będzie nadać pismo (z zachowaniem terminu) do urzędu lub sądu u dowolnego operatora pocztowego, a nie jak do tej pory tylko za pośrednictwem Poczty Polskiej. Zmienione omawianą nowelizacją przepisy zapewnią też oprocentowanie nadpłat powstałych w wyniku orzeczeń TSUE lub TK za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu, niezależnie od czasu złożenia wniosku o zwrot nadpłaty. Jednak w dniu 4 kwietnia 2025 r. (po rozpatrzeniu poprawek zgłoszonych przez Senat), Sejm postanowił zrezygnować w tej nowelizacji z przepisów o likwidacji monopolu Poczty Polskiej na dostarczanie przesyłek urzędowych. Teraz omawiana ustawa została przesłana do podpisu Prezydenta RP.
W omawianej nowelizacji pozostały przepisy dot. objęcia oprocentowaniem nadpłaty podatku – powstałej w wyniku korzystnego dla podatnika orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej – w czasie od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu. Takie same zasady, dotyczące oprocentowania, będą dotyczyć nadpłat, które powstały w wyniku orzeczeń Trybunału. Ustawa ta ujednolica też terminy dotyczące doręczeń pism urzędowych do 14 dni (w przypadku doręczeń hybrydowych przewidziany był 15 dniowy termin doręczenia).

Projekt ustawy o zmianie ustawy – Ordynacja Podatkowa oraz niektórych innych ustaw został opublikowany na stronach Rządowego Centrum Legislacji. Projekt ten skupiać się miał przede wszystkim na zwiększeniu efektywności organów podatkowych, ale również na tym by współpraca między organami a podatnikami przebiegała sprawniej a relacje miedzy nimi uległy poprawie. Pomimo tak zarysowanych celów nie wszystkie wprowadzone zmiany będą na rękę podatnikom i skorzystają na nich przede wszystkim organy podatkowe.

Przesunięcia terminu obowiązkowego przystąpienia do Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) na 2026 rok sprawiły, że wiele firm odłożyło przygotowania na później. Zdaniem Moniki Zaród, Head of Innovation & Software Products w NTT DATA Business Solutions, to ostatni moment, aby wrócić do prac, zanim presja czasu i kumulacja obowiązków zaczną utrudniać wdrożenie. Tym bardziej, że przedsiębiorcy mogą mierzyć się z kilkoma kluczowymi wyzwaniami, wśród których wymień można: rotację kadr, konieczność dostosowania się do innych zmian prawnych, uzyskanie zgody central w przypadku zagranicznych firm, konieczność ręcznego zbierania danych przed wdrożeniem automatyzacji oraz ryzyko awarii systemu. Oto 5 kroków, które ułatwią firmom skuteczne przygotowanie się do KSeF i uniknąć problemów.

Odsetki od nadpłat podatkowych będą naliczane już od dnia ich powstania aż do momentu zwrotu – taką zmianę przewiduje projekt nowelizacji ordynacji podatkowej przyjęty przez rząd. Co jeszcze ulegnie zmianie?

W dniu 5 czerwca 2024 r. Prezydent RP Andrzej Duda podpisał ustawę przesuwającą termin wdrożenia obowiązkowego KSeF na dzień 1 lutego 2026 r. Ustawa została opublikowana w Dzienniku Ustaw 10 czerwca br. i weszła w życie 1 lipca br. W drugim etapie procesu legislacyjnego Ministerstwo Finansów zaproponuje rozwiązania w zakresie uproszczenia stosowania obligatoryjnego KSeF i etapowego wdrażania tego systemu. Ministerstwo Finansów udostępniło wersję produkcyjną Aplikacji Mobilnej KSeF.

Minister Finansów przygotował obwieszczenie w sprawie wysokości kwoty kary porządkowej na 2025 rok. Chodzi o wysokość kwoty wymienionej w art. 262 § 1 ustawy - Ordynacja podatkowa. W przyszłym roku kara ta nie będzie mogła przekroczyć 3700 zł.

Kontrola podatkowa, to oczywiście nic przyjemnego dla podatnika ale czasem się zdarza. Na taką okoliczność trzeba być przygotowanym. W szczególności warto wiedzieć, że taka kontrola z urzędu skarbowego powinna być w większości przypadków zapowiedziana z 7-dniowym wyprzedzeniem. Ale od tej zasady są niestety liczne wyjątki. Zobaczmy co na ten temat mówią przepisy.

Trzeba wciąż bronić systemu prawnego przed destrukcją, ale nie zawsze się to udaje. Teraz najważniejszym zadaniem jest wyrzucenie do kosza nonsensu faktur ustrukturyzowanych, bo katastrofę odroczono tylko o dwa lata – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski. Dzień 1 lipca 2024 r. (pierwotny termin wejścia w życie obligatoryjnego modelu Krajowego Systemu e-Faktur) będzie – zdaniem Profesora - symbolem spektakularnej porażki tych, którzy psują przepisy podatkowe.

Ordynacja podatkowa przewiduje w szczególnych sytuacjach możliwość zastosowania wobec podatnika trzech ulg w spłacie podatków lub zaległości podatkowej. Chodzi o odroczenie terminu płatności, rozłożenie zapłaty na raty lub umorzenie całości lub części podatku lub zaległości podatkowej. Kiedy można liczyć na taki gest fiskusa?

Wielu podatników składa wnioski o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej. Jak to zrobić prawidłowo? Do czego taka interpretacja może się przydać podatnikowi? Kiedy Dyrektor KIS nie musi ani nawet nie może wydać interpretacji indywidualnej?

Do najczęściej popełnianych błędów VAT należą nieprawidłowości w zakresie odliczenia podatku naliczonego od zakupów dotyczących pracowników. O prawie do odliczenia nie przesądza wykazanie podatnika jako nabywcy na fakturze. Kluczowe jest nabycie prawa do rozporządzania towarem jak właściciel.

Projekt nowelizacji ustawy o VAT, który 2 maja 2024 r. wpłynął do Sejmu przewiduje tylko jedną datę wdrożenia obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) – 1 lutego 2026 r. Od tego dnia obowiązek stosowania KSeF i wystawiania za pomocą tego systemu faktur ustrukturyzowanych będą mieli wszyscy podatnicy VAT (czynni i zwolnieni). W innej nowelizacji ustawy resort finansów zamierza wprowadzić drugi termin wdrożenia obowiązkowego KSeF dla mniejszych firm (1 kwietnia 2026 r.), o czym mówił minister finansów Andrzej Domański w dniu 26 kwietnia 2024 r. na brefingu prasowym w Ministerstwie Finansów.

Oprocentowanie nadpłaty, powstałej w wyniku orzeczenia TSUE będzie przysługiwać za cały okres, aż do jej zwrotu. Podobnie będzie z nadpłatami powstałymi wskutek wyroków TK.

W listopadzie 2023 r. podatnik wysłał towar do klienta wraz z fakturą. W związku z nieodebraniem towaru przez klienta, w grudniu 2023 r. towar wrócił do sprzedawcy wraz z fakturą. Kiedy podatnik powinien wystawić i wykazać w JPK_V7M fakturę korygującą? Czy dopuszczalne jest anulowanie faktury, skoro została zwrócona sprzedawcy?

Prezentowane przez organy podatkowe podejście do procedury złożenia deklaracji podatkowej przez spółkę narusza zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do tych organów, ale również art. 1 Konstytucji RP stanowiący, że Polska jest dobrem wspólnym wszystkich obywateli. Inicjowanie przez organy postępowań bezprzedmiotowych obarcza również ich kosztem obywateli, co z kolei stoi w sprzeczności z wywodzonym z art. 2 Konstytucji prawem do dobrej administracji. Tak orzekł WSA we Wrocławiu w sprawie firmy, której organy dwóch instancji odmówiły skuteczności złożenia deklaracji podatkowej z powodu użycia niewłaściwego formularza.

W codziennej praktyce biznesowej wielokrotnie powstaje pytanie, czy za pustą fakturę zawsze odpowiada podatnik (firma), gdy to pracownik, bez wiedzy i zgody pracodawcy, wystawiał fikcyjne faktury, umożliwiając innym podmiotom odliczenie VAT. Jedna z takich spraw trafiła do sądu, a w wyniku zadanego pytania prejudycjalnego – do TSUE. Poznaliśmy właśnie opinię Rzecznika Generalnego TSUE, który uznał, że co do zasady administracja skarbowa nie powinna egzekwować VAT od przedsiębiorcy. Zobaczymy, czy Trybunał weźmie pod uwagę tę opinię (bo z reguły tak robi), wydając wyrok, na który trzeba jeszcze trochę poczekać.

Czy jeśli zaczniemy dobrowolnie wystawiać faktury KSeF, to dalej trzeba będzie je dostarczać kontrahentom w inny sposób, poza systemem? 

Otrzymaliśmy fakturę za przelot pracownika na trasie Warszawa-Paryż. Dokument wystawił unijny przewoźnik, który wskazał na fakturze swój francuski numer VAT UE. Czy w tej sytuacji musimy rozliczyć import usług, jeśli faktura jest wystawiona na naszego pracownika, który nie prowadzi działalności gospodarczej?

Faktura ustrukturyzowana nie nadaje się do roli dokumentu handlowego ze wszystkich możliwych powodów. Można usiłować nadać tej fakturze charakter dokumentu handlowego, ale wymaga to wielu dodatkowych działań prawnych – pisze profesor Witold Modzelewski.