Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Resort finansów informuje, że kwoty wstrzymanych, czyli objętych weryfikacją zwrotów VAT, idą w setki milionów złotych. Przedsiębiorcy, objęci procedurą weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki VAT, narażeni są na długie lata oczekiwania oraz związane z tym ryzyko utraty płynności finansowej. Spory w tym zakresie niejednokrotnie kończą się przed sądami administracyjnymi.
W dniu 18 czerwca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał uchwałę w zakresie obowiązków informacyjnych, jakie muszą zostać spełnione, aby Organ podatkowy skutecznie zawiesił bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Niestety po raz kolejny NSA orzekł profiskalnie. Oznacza to, że warunki formalne jakie musi spełnić organ podatkowy, by doprowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, są zredukowane do minimum.
Zasadniczym beneficjentem wprowadzenia mechanizmu split payment będzie budżet państwa, który zostanie zasilony znacznie szybciej, niż to wynika z ustawy o VAT. Wprowadzenie tego wątpliwego dla firm przywileju oznacza bowiem skrócenie okresów pomiędzy zdarzeniem powodującym powstanie obowiązku podatkowego w VAT oraz rzeczywistą wpłatą należności z tego tytułu. W efekcie realne korzyści, w tym finansowe, zyskuje fiskus, a nie podatnik.
Obecny rząd wprowadza szereg reform mających na celu uszczelnienie systemu podatkowego oraz zwalczanie procederu oszustw podatkowych. Bez wątpienia jest to słuszna inicjatywa, jednak wątpliwości mogą budzić niektóre metody stosowane dla jej realizacji. Nie zawsze bowiem, „cel uświęca środki”, a dodatkowo ucierpieć mogą uczciwi przedsiębiorcy, bo jak to mówią: gdzie drwa rąbią, tam wióry lecą. Najnowszym pomysłem fiskusa jest możliwość blokady kont firmowych w przypadku „podejrzanych” transakcji.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
