Od 1 lipca 2018 r. wszyscy podatnicy, którzy prowadzą księgi podatkowe i wytwarzają dowody księgowe w formie elektronicznej, przekazują struktury JPK na żądanie organów podatkowych. JPK na żądanie obejmuje 6 struktur: księgi rachunkowe – JPK_KR, wyciąg bankowy – JPK_WB, magazyn – JPK_MAG, faktury VAT – JPK_FA, podatkowa księga przychodów i rozchodów – JPK_PKPIR, ewidencja przychodów – JPK_EWP. Ministerstwo Finansów udzieliło wyjaśnień odnośnie struktury magazynowej JPK_MAG.
Począwszy od stycznia 2018 roku, wszyscy przedsiębiorcy muszą już co miesiąc składać plik JPK VAT. Z kolei od lipca urzędy skarbowe mogą żądać plików JPK, które nie dotyczą VAT, ale zawierają np. dane o fakturach (JPK FA), księgach podatkowych (JPK KR/PKPiR), wyciągach bankowych (JPK WB) czy stanach magazynowych (JPK MAG). Wciąż jednak pojawiają się pytania, co zrobić w sytuacji, w której firma prowadzi dokumentację w formie papierowej. Czy wtedy przedsiębiorca również zobligowany jest do przygotowania plików JPK?
Naczelny Sąd Administracyjny twierdzi konsekwentnie, że dla ustalenia, czy skutek decyzji w postaci określenia zobowiązania podatkowego nastąpił przed upływem terminu przedawnienia, istotna jest data doręczenia decyzji, a nie jej wydania. Niestety, organom podatkowym nadal zdarza się wydawać decyzje określające zobowiązanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Obowiązek składnia pliku JPK-VAT obejmuje obecnie już wszystkich przedsiębiorców, niezależnie od wielkości firmy. Nie wszyscy jednak korzystali wcześniej z elektronicznych deklaracji, a zatem pojawia się tutaj aspekt techniczny, który dla części osób może być pierwszą trudnością. Pierwszą, ponieważ osobną sprawą jest podpisywanie JPK VAT, przed wysyłką do Ministerstwa Finansów. Aktualnie można dokonać tego na trzy różne sposoby.