Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.
Obowiązek składnia pliku JPK-VAT obejmuje obecnie już wszystkich przedsiębiorców, niezależnie od wielkości firmy. Nie wszyscy jednak korzystali wcześniej z elektronicznych deklaracji, a zatem pojawia się tutaj aspekt techniczny, który dla części osób może być pierwszą trudnością. Pierwszą, ponieważ osobną sprawą jest podpisywanie JPK VAT, przed wysyłką do Ministerstwa Finansów. Aktualnie można dokonać tego na trzy różne sposoby.
26 lutego 2018 r. o północy mija termin, w którym prawie 1,7 mln przedsiębiorców powinno wysłać do skarbówki swój pierwszy plik JPK_VAT, będący elektroniczną ewidencją rozliczeń VAT. Kto tego nie zrobi, musi liczyć się z grzywną wynoszącą nawet 8 tys. zł. Przedsiębiorca, który uważa, że JPK go nie dotyczy, może zapłacić nawet 42 tys. zł – ostrzega Tax Care.
Zasadniczym beneficjentem wprowadzenia mechanizmu split payment będzie budżet państwa, który zostanie zasilony znacznie szybciej, niż to wynika z ustawy o VAT. Wprowadzenie tego wątpliwego dla firm przywileju oznacza bowiem skrócenie okresów pomiędzy zdarzeniem powodującym powstanie obowiązku podatkowego w VAT oraz rzeczywistą wpłatą należności z tego tytułu. W efekcie realne korzyści, w tym finansowe, zyskuje fiskus, a nie podatnik.
Ministerstwo Finansów wyjaśniło, że jeżeli podatnik VAT zawiesił działalność gospodarczą i nie prowadzi zapisów w ewidencji VAT, to nie ma obowiązku przesyłania JPK_VAT za okresy zawieszenia tej działalności. Ale jednocześnie MF zwraca uwagę, że w niektórych sytuacjach (np. gdy podatnik dokonuje wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów), pomimo zawieszenia działalności, uzupełnia się ewidencję VAT, składa deklarację VAT i przesyła JPK_VAT.