Płatnik składek ubezpieczeniowych, uiszczając zaległe składki w części należnej od wynagrodzenia wypłacanego pracownikowi, nie dokonuje żadnego przysporzenia majątkowego, zwiększającego majątek pracowników. Tym samym u pracowników, za których płatnik składek uiścił zaległe składki, nie powstanie przychód ani dochód. Skoro zaś kwoty zaległych składek w części należnej od wynagrodzenia wypłacanego pracownikowi nie można uznać za dochód, tym samym nie powstaje obowiązek płatnika odprowadzenia zaliczki na podatek dochodowy.
Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Wdrożenie tzw. jednolitego podatku (jednolitej daniny), łączącego obecny podatek dochodowy od osób fizycznych (PIT) oraz składki na ZUS i NFZ, będzie oznaczało likwidację liniowego 19-proc. PIT dla prowadzących działalność gospodarczą. Będzie 4-5 stawek jednolitej daniny - od 19,5% do ok. 40%. Rząd zastanawia się nad zastąpieniem CIT-u podatkiem obrotowym. Takie m.in. informacje przekazał w wywiadzie dla Polskiej Agencji Prasowej minister Henryk Kowalczyk, przewodniczący Stałego Komitetu Rady Ministrów, odpowiadający za prace nad jednolitym podatkiem.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.