Użycie samochodu służbowego, o którym mowa w art. 86a ust. 4 pkt 1 ustawy o VAT, dla którego prowadzona jest ewidencja przebiegu pojazdu, użytkowanego przez pracownika nie należącego do kadry kierowniczej, który wyjątkowo może być garażowany w miejscu zamieszkania pracownika, nie stanowi użycia samochodu służbowego w celach prywatnych.
Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
Po 1 lipca 2016 r. urzędy skarbowe będą przeprowadzać kontrole skarbowe elektronicznie, z wykorzystaniem Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zmiany te wymagają od firm dostosowania swoich systemów informatycznych, które od tego momentu będą musiały generować taki dokument. To jednak tylko połowa sukcesu, bo kluczowe jest to, żeby JPK nie zawierał błędów. Przedsiębiorcom potrzebne są więc narzędzia, które pozwolą im sprawdzić dokument przed wysłaniem do urzędu skarbowego.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.