Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Za moment dokonania dostawy kompleksu należy uznać moment dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu. W przypadku dostawy kompleksu na terenie Polski obowiązek podatkowy powstanie z chwilą dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu, a w przypadku gdy przed tym dniem spółka otrzyma całość lub część zapłaty, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą otrzymania takiej zapłaty w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Natomiast przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy kompleksu, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia przez spółkę ostatecznej faktury dokumentującej dostawę kompleksu, nie później niż 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dostarczony zostanie ostatni element składający się na całość kompleksu.
Od 1 stycznia 2017 r. spadają (drugi rok z rzędu) o wskaźnik deflacji (o 0,9%) maksymalne stawki podatków i opłat lokalnych. Zatem w 2017 r. powinniśmy mieć niższe stawki podatku od nieruchomości, podatku od środków transportowych i opłat lokalnych (targowej, miejscowej, uzdrowiskowej, od posiadania psów) - o ile gminy podejmą stosowne uchwały do końca 2016 roku.