W komunikacie prasowym wystosowanym 19 grudnia 2015 roku MF poinformowało, że II kwartał 2016 r. obfitować będzie w kontrole podatkowe, które nakierowane będą na podmioty niepłacące w latach ubiegłych podatku CIT pomimo znacznej dynamiki osiąganych przychodów. Ministerstwo wskazało jednocześnie na możliwość uniknięcia negatywnych konsekwencji planowanych kontroli. Poprzez złożenie odpowiednich korekt przed planowaną akcją kontroli, podatnicy nie tylko unikną nieprzyjemności związanych z postępowaniem podatkowym, ale także zapłacą o połowę mniejsze odsetki od zaległości fiskalnych. Warto w tym miejscu zastanowić się jednak, czy wskazana zachęta odnosi się jedynie do nieprawidłowości związanych z rozliczaniem podatku dochodowego w kontekście cen transferowych.
W przypadku planowanego podziału spółki kapitałowej dokonywanego przez przeniesienie części przedsiębiorstwa stanowiącej zorganizowany zespół składników majątkowych, materialnych i niematerialnych oraz zobowiązań – zorganizowaną część przedsiębiorstwa (ZCP) w trybie art. 529 § 1 k.s.h., ważnym zagadnieniem wpływającym na prawidłowość przebiegu podziału będzie określenie miejsca rozliczenia sprzedaży opodatkowanej – podatku należnego, realizowanej przez spółkę dzieloną w trakcie dokonywania podziału. Duże znaczenie posiada to, czy podatek należny od danej sprzedaży realizowanej przez ZCP rozliczany jest jeszcze przez spółkę dzieloną, czy też przez spółkę przejmującą.
Transakcja polegająca na połączeniu spółek, w ramach której dochodzi do przejęcia jednej z nich, nie stanowi ani odpłatnej dostawy towarów, ani odpłatnego świadczenia usług. W związku z tym, na żadnej ze stron nie będzie ciążyć obowiązek zapłaty podatku od towarów i usług. Powyższe nie oznacza jednak, że strony takiej transakcji są wolne od jakichkolwiek obowiązków wynikających z przepisów ustawy o VAT.
Pojęcie konsolidacji najczęściej kojarzy się z aspektem zarządzania finansami w strukturze wielofirmowej, często grupach kapitałowych. Dotyczy zatem zagadnienia, którego właścicielem są działy finansowe. W zakresie ich obowiązków w strukturach wielofirmowych jest m.in. uzyskanie zgodności z wymaganiami Międzynarodowych Standardów Sprawozdawczości Finansowej (MSSF/MSR) oraz Międzynarodowych Standardów Raportowania Finansowego (IFSR), tj. poradzenie sobie m.in. z eliminacją danych dotyczących rozliczeń wzajemnych oraz wynikających z różnic kursowych, z konwersją i/lub przenoszeniem danych, zmianami walut, elastycznym wprowadzaniem korekt, prezentacją raportów i konsolidacji w różnych standardach księgowości, walutach czy formatach danych, automatyczną zmianą różnych postaci danych w zależności o stopnia powiązania w grupie kapitałowej czy strukturze wielofirmowej.
Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
W wyroku z dnia 5 marca 2014 r. (sygn. akt II FSK 481/12) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przepis art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsyłając do odpowiedniego stosowania art. 14 ust. 1-3 ww. ustawy, upoważnia organy podatkowe do weryfikacji wartości udziałów/akcji, określonej w umowie lub w statucie spółki, w sytuacji, gdy wartość nominalna obejmowanych udziałów, tj. wartość przedmiotu aportu określona w „cenie” jego zbycia, w sposób znaczny odbiega od wartości rynkowej przedmiotu wkładu i jednocześnie nie znajduje to uzasadnionych przyczyn w rozumieniu art. 14 ust. 1 ww. ustawy.