Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
Sprawdzone przez Najwyższą Izbę Kontroli na przełomie 2014 i 2015 roku urzędy kontroli skarbowej oraz urzędy skarbowe nie przeprowadziły wystarczających działań, które skutecznie zapobiegłyby uchylaniu się od opodatkowania przez podmioty z udziałem kapitału zagranicznego, poprzez transferowanie dochodów poza polski system podatkowy. NIK zwraca uwagę, że w polskim systemie podatkowym wciąż nie ma klauzuli generalnej przeciwko unikaniu opodatkowania. Kontrolerzy odnotowali jednak, że klauzula ma znaleźć się w projekcie nowej ordynacji podatkowej, którą przygotowuje Komisja Kodyfikacyjna Ogólnego Prawa Podatkowego.
Firma dokonująca zakupu samochodu, który będzie wykorzystywany wyłącznie w celach gospodarczych musi prowadzić ewidencję przebiegu pojazdu, ustalić regulamin wewnętrzny zakazujący korzystania z pojazdu w celach prywatnych oraz złożyć w terminie VAT-26. Dopiero po dokonaniu tych czynności może odliczyć 100% VAT. W przypadku natomiast, gdy nie dotrzyma terminu złożenia informacji VAT-26, poda informacje niezgodne ze stanem rzeczywistym lub dokona odliczenia niezgodnego z przepisami, podlega stosownej karze na gruncie Kodeksu karnego skarbowego.
Fakturą elektroniczna została w ustawie o podatku od towarów i usług zdefiniowana jako faktura w formie elektronicznej wystawiona i otrzymana w dowolnym formacie elektronicznym. W dobie dzisiejszej dbałości o środowisko, a także techniki, coraz więcej firm decyduje się na wystawianie faktur elektronicznych – ponieważ jest to wygodne, czasooszczędne i szybkie. Czy wystawiając fakturę w formie elektronicznej, konieczne jest ich przesłanie w określonym formacie (np. PDF), czy wymagane jest dosłanie oryginału papierowego? Jakim warunkom powinna odpowiadać faktura, aby była ona uznana za dowód podatkowy?
Trybunał Konstytucyjny uznał, że pociągnięcie do odpowiedzialności za przestępstwo skarbowe, na podstawie art. 62 § 2 k.k.s., osoby fizycznej, wobec której, za ten sam czyn, tj. wystawienie nierzetelnej (fikcyjnej) faktury, zastosowano obowiązek zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, nie stanowi naruszenia zasady ne bis in idem, czyli zakazu podwójnego karania.
Nowelizacji ustawy o VAT, przyjęta przez Sejm, przewiduje m.in. wprowadzenie odwróconego VAT na kolejne towary (m.in. telefony komórkowe, laptopy, tablety i konsole do gier). Mechanizm ten obejmie także nieobrobione plastycznie półprodukty z aluminium, ołowiu i cynku. Zmiany mają w większości wejść w życie 1 lipca 2015 r.