Nowe przepisy w zakresie VAT, które obowiązują od początku tego roku, pozwalają urzędnikom stosunkowo łatwo wykreślić podatnika z rejestru VAT, nawet go o tym nie informując. Takie konsekwencje wywołać może przyjęcie faktury VAT od kontrahenta, który nigdy nie był czynnym podatnikiem lub przestał nim być. Aby ustrzec się przed nimi, należy odpowiednio wcześnie weryfikować kontrahentów w bazach VIES i NIP.
Przez długie lata polskie organy podatkowe stały na stanowisku, że niepobranie podatku lub zastosowanie niższej stawki, jeżeli wynikało to z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, możliwe było pod warunkiem przedstawienia certyfikatu rezydencji podatkowej w formie papierowej. E-certyfikaty były honorowane przez fiskus tylko wtedy, gdy organy podatkowe innego państwa w ogóle nie wydawały certyfikatów w wersji papierowej. Jednak obecnie stanowisko fiskusa uległo zmianie. W interpretacji indywidualnej z 26 czerwca 2017 r. wydanej przez Szefa KAS, przyjęto, że certyfikat rezydencji uzyskany w formie elektronicznej będzie dla płatnika podstawą do zastosowania postanowień umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.