Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
To charakter usługi decyduje o tym, czy dana usługa została wykonana. W związku z tym, jeżeli strony określiły w umowie harmonogram wykonania usługi, jest ona wykonana, gdy wykonawca zgłosi dany etap usługi do odbioru, zaś moment akceptacji odbioru tej części usługi przez usługobiorcę nie ma znaczenia dla ukonstytuowania się obowiązku podatkowego.
Jak wynika z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 listopada 2017 r. (sygn. akt III SA/Wa 3725/16), dla zastosowania 0% stawki podatku przy wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów (WDT) wystarczające jest, by podatnik posiadał jedynie niektóre dowody, o których jest mowa w art. 42 ust. 3 ustawy o VAT. Dowody te powinny być uzupełnione dokumentami wskazanymi w art. 42 ust. 11 ustawy o VAT lub innymi, o ile potwierdzają fakt wywiezienia i dostarczenia towarów do nabywcy, znajdującego się na terytorium innego państwa członkowskiego.
Zdaniem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT, gdy prawo to powstało, nawet jeśli ów podatnik z przyczyn niezależnych od jego woli nie mógł wykorzystać towarów lub usług stanowiących podstawę odliczenia. W związku z tym do odmowy odliczenia nie wystarczy, aby nieruchomość pozostała niezajęta po rozwiązaniu umowy najmu, której była przedmiotem, z powodu okoliczności niezależnych od woli jej właściciela.