Organy podatkowe mają do dyspozycji szereg różnych instrumentów w celu sprawdzenia zasadności zwrotu podatku VAT. Dodatkowo, w myśl art. 273 dyrektywy 2006/112/WE, poza obowiązkami wymienionymi w tytule XI-tej dyrektywy, mogą nakładać inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym. Zapominają przy tym jednak, że z tej samej dyrektywy wynika, iż sama weryfikacja prawidłowości rozliczeń musi odbywać się w ramach procedur, przewidzianych prawem krajowym.
Sam zakup protezy można odliczyć w ramach ulgi rehabilitacyjnej, natomiast zabieg jej wszczepienia już nie podlega odliczeniu. W związku z tym jeżeli podatnik dysponuje fakturą, w której podana jest jedna cena, obejmująca i protezę, i jej wszczepienie, wówczas nie odliczy już niczego. Konieczna jest zatem faktura na zakup protezy, by móc ją odliczyć w ramach ulgi rehabilitacyjnej.
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Sprawdzone przez Najwyższą Izbę Kontroli na przełomie 2014 i 2015 roku urzędy kontroli skarbowej oraz urzędy skarbowe nie przeprowadziły wystarczających działań, które skutecznie zapobiegłyby uchylaniu się od opodatkowania przez podmioty z udziałem kapitału zagranicznego, poprzez transferowanie dochodów poza polski system podatkowy. NIK zwraca uwagę, że w polskim systemie podatkowym wciąż nie ma klauzuli generalnej przeciwko unikaniu opodatkowania. Kontrolerzy odnotowali jednak, że klauzula ma znaleźć się w projekcie nowej ordynacji podatkowej, którą przygotowuje Komisja Kodyfikacyjna Ogólnego Prawa Podatkowego.
Kolejny miesiąc w pełni potwierdza, że nasze władze, w tym niestety również resort finansów, niewiele wiedzą o funkcjonującym w naszym kraju systemie podatkowym, nie umieją obiektywnie ocenić jego rzeczywistej efektywności, a chroniczny brak umiejętności prognozowania dochodów budżetowych potwierdza coroczna prognoza budżetowa: w tym roku również spadają wpływy z dwóch najważniejszych podatków: oficjalne dane za pięć miesięcy są bardzo złe: z VAT-u zabraknie 15 mld zł, a z akcyzy 5 mld zł w stosunku do prognozy.
W ustawie o VAT przewidziano szereg zwolnień z podatku VAT, w tym m.in. dla świadczenia usług medycznych. I tak, zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 18 tej ustawy, zwolnieniu podlegają usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia, oraz dostawę towarów i świadczenie usług ściśle z tymi usługami związane, o ile są wykonywane w ramach działalności leczniczej przez podmioty lecznicze. Na gruncie tak sformułowanego przepisu powstał jednak problem, czy zwolnienie to może być stosowane wyłącznie w odniesieniu do usług świadczonych przez krajowe podmioty lecznicze, czy także do usług medycznych importowanych z zagranicy.
