Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
27 września 2018 r. Rada przyjęła rozporządzenie w sprawie utworzenia jednolitego portalu cyfrowego. Portal da osobom prywatnym i firmom dostęp do elektronicznych informacji, procedur oraz usług wsparcia i rozwiązywania problemów. 14 kluczowych procedur administracyjnych w każdym państwie członkowskim UE ma być dostępnych on-line zarówno dla użytkowników krajowych, jak i dla użytkowników transgranicznych. Chodzi m.in. rejestrację przedsiębiorstwa, rejestrację pracodawców lub pracowników w obowiązkowych systemach emerytalno-rentowych i ubezpieczeniowych, ubieganie się o stypendia i kredyty studenckie, uznawanie tytułów naukowych, składanie wniosku o europejską kartę ubezpieczenia zdrowotnego czy rejestrację pojazdów silnikowych.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.