Według organów podatkowych kosztem uzyskania przychodu, zarówno w PIT jak i CIT, w przypadku sprzedaży środka trwałego sfinansowanego dotacją, oraz środkami własnymi, jest jego wartość początkowa, niezależnie od źródła jego sfinansowania. Wartość ta, musi zostać pomniejszona o odpisy amortyzacyjne.
Zdaniem Ministerstwa Finansów jeżeli wspólnik spółki osobowej wykonuje świadczenie na rzecz tej spółki, to z podatkowego punktu widzenia jest to świadczenie "dla siebie samego" w takim zakresie, w jakim "przychody i koszty spółki osobowej" stanowią jego przychody i jego koszty. Jeżeli takie świadczenia są odpłatne, to u takiego wspólnika przychody równe są jego kosztom, jeżeli zaś wspomniane świadczenia są nieodpłatne, u tego wspólnika nie wystąpi ani przychód, ani koszt.
Na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, przychodami, z zastrzeżeniem ust. 3 i 4 oraz art. 14, są w szczególności otrzymane pieniądze, wartości pieniężne, różnice kursowe. Sprzedaż udziałów co do zasady wiąże się z obowiązkiem rozpoznania przychodu w cenie określonej przez strony w umowie sprzedaży, która nie powinna odbiegać od wartości rynkowej zbywanego prawa pod rygorem szacunku przychodu przez organy podatkowe (por. art. 14 ust. 1 ustawy o CIT).
Podatnik może obniżyć stawki amortyzacyjne dla wybranych środków trwałych amortyzowanych metodą liniową, przy uwzględnieniu, iż zmiany stawek dokonuje się od pierwszego miesiąca każdego następnego roku podatkowego, stosownie do art. 16i ust. 5 ustawy o CIT. Wysokość obniżenia stawki dla danego środka trwałego jest dowolna, wobec czego podatnik ma prawo obniżyć stawkę amortyzacyjną również do poziomu 0,1%.
Przy umorzeniu lub zbyciu udziałów objętych na skutek wniesienia aportu, kosztem właściciela takich udziałów jest - co do zasady - ich wartość nominalna. Zasada ta nie dotyczy przypadków, w których aport ten miał formę, neutralnej podatkowo, transakcji wymiany udziałów. W takiej sytuacji, koszty właściciela umarzanych lub zbywanych udziałów są równe rzeczywistym kosztom historycznym, jakie poniósł na ich nabycie (a ściślej rzecz biorąc: na nabycie udziałów, jakie w ramach transakcji wymiany, były wnoszone drogą aportu).
W większości mikro i małych przedsiębiorstw które podlegają pod ustawę o rachunkowości, czyli prowadzą pełną księgowość, polityka rachunkowości dotycząca amortyzacji dostosowana jest do przepisów podatkowych. Jednak zdarza się, że stawki amortyzacyjne, bilansowa i podatkowa, z różnych powodów odbiegają od siebie. Wówczas powstaje kłopot, jak zaewidencjonować takie zdarzenie gospodarcze, aby żaden koszt nie został ominięty.
