Przez długie lata polskie organy podatkowe stały na stanowisku, że niepobranie podatku lub zastosowanie niższej stawki, jeżeli wynikało to z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, możliwe było pod warunkiem przedstawienia certyfikatu rezydencji podatkowej w formie papierowej. E-certyfikaty były honorowane przez fiskus tylko wtedy, gdy organy podatkowe innego państwa w ogóle nie wydawały certyfikatów w wersji papierowej. Jednak obecnie stanowisko fiskusa uległo zmianie. W interpretacji indywidualnej z 26 czerwca 2017 r. wydanej przez Szefa KAS, przyjęto, że certyfikat rezydencji uzyskany w formie elektronicznej będzie dla płatnika podstawą do zastosowania postanowień umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania.
Brak jest racjonalnych podstaw, aby na gruncie art. 12 ust. 3c ustawy o CIT traktować świadczenie polegające na udzieleniu licencji wraz z nadzorem autorskim inaczej niż świadczenie usług. Przyjęcie takiego stanowiska byłoby bowiem: niezgodne z wykładnią językową tego pojęcia, wykładnią systemową wewnętrzną, w szczególności uwzględniającą art. 16b ust. 1 ustawy o CIT, wykładnią systemową zewnętrzną, w szczególności uwzględniającą przepisy ustawy o prawach autorskich jak i przepisy ustawy o podatku od towarów i usług.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Dla powstania obowiązku poboru podatku u źródła wystarczające jest, że podmiot dokonujący wypłaty należności jest polskim podatnikiem. Innymi słowy, jedyna przesłanka opodatkowania dochodów nierezydentów w Polsce jest taka, aby osiągnięty został na terytorium RP, co znaczy, że ich źródło znajduje się na terenie Polski. Nieuzasadnione jest doszukiwanie się dalszych warunków, których spełnienie wymagane jest do opodatkowania takiego dochodu podatkiem u źródła.