W przypadku gdy nabywcą usług budowlanych lub budowlano-montażowych jest podmiot niebędący podatnikiem VAT (konsument), obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia tych usług powstanie z chwilą wykonania usługi. Jeżeli natomiast nabywcą tych usług jest podatnik VAT, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia faktury z tytułu świadczenia usług - w takim przypadku fakturę wystawia się nie później niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, lecz nie wcześniej niż 30. dnia przed tym dniem; dla usług o charakterze ciągłym faktura może być wystawiona wcześniej niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, jeżeli zawiera informację, jakiego okresu rozliczeniowego dotyczy.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
Od chwili podjęcia przez NSA w dniu 24 czerwca 2014 r. uchwały, w której arbitralnie stwierdzono, że jednostki budżetowe nie są (jakoby) podatnikami tego podatku, trwa i pogłębia się chaos w tym zakresie. Należy przypomnieć, że w ustnym uzasadnieniu do tej uchwały stwierdzono, że wszystkie jednostki budżetowe nie są podatnikami, bo (jakoby) nie prowadzą „samodzielne” działalności gospodarczej, o czym świadczy – zdaniem sądu – fakt, że nie dysponują swoim dochodem. W uzasadnieniu jednak stwierdzono, że tylko gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami, choć państwowe już są, mimo że również „nie dysponują swoim dochodem”, bo w sensie prawnofinansowym niczym się nie różnią.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Minister Finansów po wyroku TSUE rozstrzygającym, że to gminy a nie ich jednostki budżetowe są podatnikami VAT, deklaruje, że dostosowanie rozliczeń VAT gmin do tezy wyroku nastąpi „w przód". Samorządy mogą jednak, zgodnie z wyrokiem TSUE, podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model „scentralizowany" - czyli, że to gmina rozlicza VAT jako podatnik) nieobjętych przedawnieniem. Ministerstwo wyjaśnia jednocześnie, że aby zachować zasadę neutralności VAT – korekty muszą zostać sporządzone w odniesieniu do całego poprzedniego 5 letniego okresu nieobjętego przedawnieniem. Nie będzie możliwe sporządzanie korekt wybiórczych, tj. tylko za wybrane przez samorządy okresy rozliczeniowe.
Ostatni wyrok TSUE uznający nie wiadomo dlaczego, że gminne jednostki budżetowe jakoby nie są podatnikami podatku od towarów i usług, jest przysłowiowym gwoździem do trumny tego podatku. Dlaczego? Bo podstawowa teza tego wyroku, że tylko gminy i miasta (osoby prawne) są podatnikami VAT-u, a podległe im jednostki budżetowe już nie, wymyślił zagraniczny biznes doradczy, jakże hołubiony przez władze III RP.
