W postępowaniu podatkowym za dowód może zostać uznane wszystko, co przyczynia się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem, w tym przede wszystkim księgi podatkowe, deklaracje, opinie biegłych, informacje podatkowe oraz inne zgromadzone dokumenty. Pod uwagę brany jest również dowód z zeznań świadka. Jakie czynności musi podjąć organ podatkowy, aby nie doszło do uchybienia w toku przesłuchania?
Sytuacja przedsiębiorców nieświadomie uczestniczących w transakcjach z nieuczciwymi kontrahentami, z prawnego punktu widzenia, nie jest aż tak zła, jak mogłyby na to wskazywać, wydawane często na wyrost, decyzje organów podatkowych. Nawet w przypadku, gdyby okazało się, że kontrahent okazał się oszustem podatkowym, możliwe jest otrzymanie zwrotu VAT.
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Zbyt pośpiesznie wykreślono z ordynacji przepisy o odpowiedzialności odszkodowawczej za błąd organu podatkowego. Osoby, które nie są dobrze zorientowane w przepisach prawa, zwłaszcza cywilnego, mogą mieć duży problem z odzyskaniem pieniędzy - twierdzi Dorota Szubielska, radca prawny, partner w kancelarii Chadbourne & Parke.
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.
Ministerstwo Finansów bardziej szczegółowo zbada, czy transakcje i zmiany organizacyjne w ramach jednej grupy mają uzasadnienie biznesowe, czy służą jedynie korzyści podatkowej. Najbardziej narażone na kontrolę są firmy, które dokonują transakcji z podmiotami zagranicznymi, w szczególności mającymi siedzibę lub zarząd w krajach, gdzie obowiązują niższe stawki podatkowe niż w Polsce.
Zarówno kontrolowanemu podatnikowi, jak i organowi kontrolującemu przysługują w trakcie kontroli podatkowej określone przepisami Ordynacji podatkowej prawa i obowiązki. O ile jednak kontrolowanemu wolno robić wszystko, co nie jest zastrzeżone przepisami prawa, o tyle kontrolujący ma prawo jedynie do działań wyraźnie określonych w tych przepisach. Warto zatem wiedzieć, na co możemy pozwolić sobie, a także kontrolującemu w trakcie kontroli podatkowej.
