Wiele osób narzeka na działanie administracji. Podnoszą, że urzędy działają opieszale, przedstawiane przez nich argumenty i dokumenty są pomijane. Sprawy rozpatrywane są pobieżnie lub po prostu nieprawidłowo. W praktycznej walce z organami podatkowymi osoba fizyczna, czy nawet przedsiębiorca, jest jednostką najczęściej słabszą. Nie oznacza to jednak jego skazania na łaskę, czy niełaskę urzędników. Ustawodawca zauważył nierównowagę stron w postępowaniu administracyjnym i postępowaniu podatkowym – i wprowadził odpowiednie instrumenty i narzędzia, które mają pilnować prawidłowego działania całego systemu administracji. Sposób działania tych instrumentów oraz wyjaśnienie jak powinny funkcjonować, widać w praktyce orzeczniczej. Sądy na podstawie konkretnych stanów faktycznych i spraw indywidualnych jednostek, stworzyły pomocne wytyczne w formie tez orzeczniczych, z których może skorzystać każdy zainteresowany.
Nie należy wszczynać egzekucji, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających i wszelkich innych procedur, jeżeli podatnik wnioskuje o odroczenie lub rozłożenie na raty zapłaty daniny – zaleciło urzędom skarbowym Ministerstwo Finansów. Z wytycznych wynika też, że nadpłaty mają być zwracane nawet tym, którzy zalegają wobec fiskusa z innego tytułu. „Innymi słowy zwroty podatków i nadpłat podatków powstałe przed dniem powstania zaległości podatkowej nie będą zaliczane na poczet odroczonych lub rozłożonych na raty zaległości podatkowych, tylko zwracane bezpośrednio” – czytamy w zaleceniach. W pierwszej kolejności urzędy skarbowe mają odraczać terminy zapłaty podatków lub rozkładać je na raty. Przy umorzeniu „zaleca się pogłębioną analizę zasad pomocy publicznej”.
Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.
Organ podatkowy określił przedsiębiorcy kwotę należnego podatku z tytułu importu towarów, zwiększając podstawę opodatkowania o nabyte przy tym imporcie usługi pośrednictwa. W wyniku wniesionej przez przedsiębiorcę skargi sąd uchylił tę decyzję organu, stwierdzając, że organ, dokonując tylko częściowej klasyfikacji nabytych przez importera usług na te zwiększające podstawę opodatkowania i te niemające na nią wpływu, wszystkie pozostałe zaklasyfikował bez wyjaśnienia na niekorzyść podatnika.
Każdy podatnik (a nawet osoba niebędąca podatnikiem), który zauważy naruszenie prawa podatkowego, czy prawa celnego, zetknie się z nieuczciwym urzędnikiem skarbowym, czy po prostu został źle potraktowany przez funkcjonariusza Krajowej Administracji Skarbowej - może te fakty zgłosić za pomocą Krajowego Telefonu Interwencyjnego Krajowej Administracji Skarbowej. Co istotne, zgłoszenia są anonimowe.
Ministerstwo Finansów pracuje nad nowelizacją Prawa celnego i kilku innych ustaw (w tym dot. VAT, akcyzy, opłaty paliwowej i opłaty emisyjnej), która ma na celu ujednolicenie trybu wydawania decyzji określających należności celne i podatkowe z tytułu importu towarów. Naczelnik urzędu celno-skarbowego ma prowadzić jedno postępowanie w sprawie wymiaru wszystkich należności importowych, stosując przepisy prawa celnego, uzupełnione jedynie pomocniczo odpowiednimi przepisami ustawy Ordynacja podatkowa.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
