W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w wystawianych paragonach, w podatkowej księdze przychodów i rozchodów (pkpir) nie ujmuje się korekt poszczególnych paragonów, a wartości wynikające z raportów dobowych, bądź ich zestawień, pomniejszone, bądź powiększone o sumę wartości korekt poszczególnych paragonów, wynikającą z odrębnej ewidencji, prowadzonej dla celów podatku od towarów i usług. Jeżeli część z błędnie zarejestrowanych na kasie rejestrującej wpłat dotyczy środków pieniężnych nie stanowiących przychodu podatkowego (zaliczek na poczet wykonania przyszłych usług), ww. korekty będą miały również wpływ na kwoty wykazane uprzednio w kolumnie 16 podatkowej księgi przychodów i rozchodów.
Kontrola skarbowa może się zakończyć decyzją, określającą zaległości podatkowe. Z reguły taka decyzja oznacza nieprzyjemności, ale przynajmniej wiadomo, jak ją podważać, kiedy podatnik nie zgadza się z ustaleniami kontrolujących. Inaczej jest w sytuacji, kiedy kontrola skarbowa kończy się wydaniem tzw. wyniku kontroli. O skutkach prawnych takiego wyniku wypowiedział się niedawno WSA w Rzeszowie.
Podatnicy prowadzący działalność gospodarczą, opodatkowani wg skali podatkowej PIT mogą skorzystać z odliczeń od dochodu (np. z tytułu przekazanych darowizn, wydatków na Internet), odliczeń od podatku (np. ulga na dziecko), a także z możliwości wspólnego rozliczenia z małżonkiem. Przedsiębiorcy opodatkowani liniowo mogą jedynie zmniejszyć swój dochód o zapłacone składki na ubezpieczenie społeczne, a podatek o składki z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego. Płacącym podatek w formie karty podatkowej zostaje tylko odliczenie składek na ubezpieczenie zdrowotne.