Po 1 lipca 2016 r. urzędy skarbowe będą przeprowadzać kontrole skarbowe elektronicznie, z wykorzystaniem Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zmiany te wymagają od firm dostosowania swoich systemów informatycznych, które od tego momentu będą musiały generować taki dokument. To jednak tylko połowa sukcesu, bo kluczowe jest to, żeby JPK nie zawierał błędów. Przedsiębiorcom potrzebne są więc narzędzia, które pozwolą im sprawdzić dokument przed wysłaniem do urzędu skarbowego.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
W komunikacie prasowym wystosowanym 19 grudnia 2015 roku MF poinformowało, że II kwartał 2016 r. obfitować będzie w kontrole podatkowe, które nakierowane będą na podmioty niepłacące w latach ubiegłych podatku CIT pomimo znacznej dynamiki osiąganych przychodów. Ministerstwo wskazało jednocześnie na możliwość uniknięcia negatywnych konsekwencji planowanych kontroli. Poprzez złożenie odpowiednich korekt przed planowaną akcją kontroli, podatnicy nie tylko unikną nieprzyjemności związanych z postępowaniem podatkowym, ale także zapłacą o połowę mniejsze odsetki od zaległości fiskalnych. Warto w tym miejscu zastanowić się jednak, czy wskazana zachęta odnosi się jedynie do nieprawidłowości związanych z rozliczaniem podatku dochodowego w kontekście cen transferowych.