Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Nasz, europejski i w pełni zharmonizowany VAT stworzył nowe zjawisko ekonomiczne zwane „transakcjami optymalizacyjnymi”. Polegają one na tym, że sprzedaje się lub kupuje towary (świadczy lub nabywa usługi) tylko po to, aby uzyskać korzyść podatkową. Są to głównie „transakcje transgraniczne” (pięknie brzmi, podobnie jak „kreatywna księgowość”), lecz nie tylko.