W ustawie CIT, począwszy od 1 stycznia 2018 r., mamy do czynienia z rozdziałem przychodów na przychody z zysków kapitałowych i pozostałe przychody z działalności. Tym samym podatnik uzyskujący przychody z obu tych źródeł jest zobowiązany przyporządkować im również koszty. Wydawało się, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że przepisy są jasne, ale im dłużej obowiązują tym więcej pojawia się wątpliwości o prawidłowość rozliczeń podatkowych.
Jak wynika z przepisów ustawy o PIT, nie jest objęte niezwiązane z wykonywaniem działalności gospodarczej zbycie ruchomości, jeśli od czasu jej nabycia upłynęło 6 miesięcy. W przypadku nieruchomości lub ich części oraz udziału w nieruchomości okres ten wynosi 5 lat od zakończenia roku kalendarzowego, w którym nastąpiło ich nabycie. Skąd więc żądanie 19% podatku, jeżeli małżeństwo nabyło nieruchomość nie 5, a 9 lat przed sprzedażą? Trwający 3,5 roku spór podatnika z fiskusem zakończył się przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.
Dochowanie należytej staranności przez nabywców towarów w transakcjach krajowych to temat, który od dawna budzi wiele wątpliwości. Firmy obawiają się, że błąd może je wiele kosztować, w przypadku gdy organy udowodnią, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć przy dochowaniu należytej staranności, że przez nabycie towaru weźmie udział w transakcji związanej z oszustwem w podatku VAT. W takiej sytuacji mogą mu one odmówić prawa do odliczenia podatku VAT.