Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Wicepremier, minister rozwoju i finansów Mateusz Morawiecki poinformował 22 lutego 2017 roku, że za kilka miesięcy (czyli jeszcze w 2017 roku) będzie gotowy projekt wprowadzenia do polskich przepisów dot. VAT mechanizmu split payment (podzielona płatność). Polegać on będzie na tym, że sprzedawca (podatnik VAT) będzie otrzymywać kwotę netto na swój rachunek podstawowy, natomiast VAT wpływałby na jego specjalne konto VAT. Z tego specjalnego konta podatnik mogłaby płacić VAT naliczony na fakturach, które otrzymuje od swoich dostawców. Różnica byłaby odprowadzana do urzędu skarbowego. Rozwiązanie to funkcjonuje z powodzeniem np. we Włoszech i w Czechach.