Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
Zbyt długi okres przedawnienia, bezzasadna podwyżka opłat za wydanie interpretacji, niejasne zasady współpracy z fiskusem – to tylko niektóre uwagi ministerstw, instytucji publicznych i organizacji. Krajowa Rada Doradców Podatkowych uznała wręcz, że projekt nowej ordynacji podatkowej, mimo właściwych założeń, „nie odpowiada aktualnym wyzwaniom i problemom związanym ze stosowaniem obecnych przepisów”.
Firmy i przedsiębiorcy w trakcie prowadzenia biznesu muszą liczyć się z wieloma różnymi ryzykami. Niesolidni kontrahenci, zatory płatnicze, niedobory towarów, trudne warunki atmosferyczne, brak zrozumienia dla prowadzonej działalności ze strony urzędów. Większość podmiotów prowadzących działalność gospodarczą jest do tego lepiej lub gorzej przygotowana. Zdarzają się jednak sytuacje, których nie uwzględnią nawet ci najbardziej przewidujący. Zamieszanie firmy w sprawę karną związaną z prowadzoną działalnością gospodarczą, jest jedną z nich.
Z przepisów podatkowych wynika, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Okazuje się jednak, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że organy podatkowe kwestionują podatek VAT z przeniesienia w wysokości zadeklarowanej w deklaracji za kolejny okres rozliczeniowy, mimo iż zobowiązanie uległo przedawnieniu.
Naczelny Sąd Administracyjny twierdzi konsekwentnie, że dla ustalenia, czy skutek decyzji w postaci określenia zobowiązania podatkowego nastąpił przed upływem terminu przedawnienia, istotna jest data doręczenia decyzji, a nie jej wydania. Niestety, organom podatkowym nadal zdarza się wydawać decyzje określające zobowiązanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale (podjętej w składzie 7 sędziów) 18 czerwca 2018 r. (sygn. akt I FPS 1/18) orzekł, że zawiadomienie podatnika na podstawie art. 70c Ordynacji podatkowej informujące, że z określonym co do daty dniem, „na skutek przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej” nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego podatnika za wskazany okres rozliczeniowy, jest wystarczające do stwierdzenia, że nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej.
26 lutego 2018 r. NSA wydał uchwałę (sygn. akt I FPS 5/17). Uchwałę ważną dla podatników, wobec których toczy się postępowanie egzekucyjne. Zgodnie z nią w przypadku przerwania biegu terminu przedawnienia na skutek zastosowania środka egzekucyjnego na podstawie ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, która następnie została uchylona przez sąd, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania, skutek w postaci przerwania biegu terminu przedawnienia upada. W związku z tym dochodzi do sytuacji, w której nigdy de facto nie doszło do przerwania biegu terminu przedawnienia, a zatem zobowiązanie podatkowe przedawnia się na zasadach ogólnych (co do zasady 5 lat liczone od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku).
Jeśli naczelnik urzędu skarbowego zajął konto podatnika na podstawie decyzji, która później została uchylona, to nie było przerwy w biegu przedawnienia. Tak uznał Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 26 lutego 2018 r. (sygn. akt I FPS 5/17). Ma ona znaczenie dla przedawnienia zobowiązań podatkowych, bo tych – jak wiadomo – fiskus nie może ściągać zasadniczo po pięciu latach, licząc od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 par. 1 ordynacji podatkowej).
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.
