Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zgodnie art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT, zasady proporcjonalnej alokacji kosztów uzyskania przychodów nie będą miały zastosowania do przychodów uzyskanych z dywidend od spółek zależnych. Przepisy art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT mają zastosowanie w sytuacji, gdy podstawą opodatkowania jest dochód, natomiast w myśl art. 22 ustawy CIT podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym w przypadku dywidend jest przychód. Oznacza to, że przychody z tytułu dywidend otrzymanych od spółek zależnych nie powinny być ujęte ani wśród „przychodów ze źródeł, z których dochody podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym” lub „przychodów ze źródeł, z których dochody nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym lub są zwolnione z podatku dochodowego” (w liczniku proporcji), ani w „ogólnej kwocie przychodów” (w mianowniku proporcji).
Urzędy skarbowe z reguły nie kwestionują zaliczanie do kosztów uzyskania przychodów wydatków na leasing klimatyzatora montowanego w siedzibie firmy, czy pomieszczeniach, gdzie jest wykonywana działalność gospodarcza. Jednak w sytuacji, gdy siedzibą podatnika lub pomieszczeniami, gdzie jest wykonywana działalność jest mieszkanie, czy dom podatnika mogą pojawić się wątpliwości. Nie można bowiem zaliczyć do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w celach osobistych.
Zgodnie z ustawą o CIT podatnicy są obowiązani wyłączyć z kosztów uzyskania przychodów koszty usług niematerialnych (m.in. doradczych, badania rynku, usług reklamowych, zarządzania, ubezpieczeń) poniesione bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotów powiązanych lub podmiotów mających miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju, w części, w jakiej koszty te łącznie w roku podatkowym przekraczają ustawowy limit.
Od 1 stycznia 2016 r. obowiązują przepisy regulujące zasady dokonywania korekty kosztów (art. 15 ust. 4i-4l ustawy o CIT). Z przepisów tych wynika, że każda korekta przychodu lub kosztu, która nie będzie spowodowana błędem rachunkowym lub oczywistą omyłką, ma być dokonywana na bieżąco. Przepisy o korekcie kosztów mają zastosowanie również przy korygowaniu kosztów uzyskania przychodów poniesionych przed 1 stycznia 2016 r. Wcześniej według ugruntowanego stanowiska organów podatkowych i sądów, korekty przychodów i kosztów należało dokonywać zawsze wstecz - bez względu na przyczynę (por. wyrok NSA z 25 kwietnia 2014 r., sygn. II FSK 4/13). Dla podatników oznaczało to obowiązek korygowania prowadzonych ewidencji i zeznań podatkowych niejednokrotnie nawet za kilka lat.
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.
Ryczałtowo określona wartość świadczenia wskazanego w art. 12 ust. 2a ustawy o PIT obejmuje wyłącznie koszty pracodawcy wynikające z udostępnienia pracownikowi samochodu służbowego do celów prywatnych, a w związku z tym również koszty eksploatacyjne, takie jak koszty ubezpieczenia, bieżące naprawy, przeglądy, wymianę części eksploatacyjnych np. wymiana opon, do których poniesienia podatnik jest zobowiązany niezależnie od tego, czy pracownik będzie wykorzystywał samochód służbowy do celów prywatnych, czy też nie. Używanie tak udostępnionego samochodu wiąże się jednak z koniecznością ponoszenia przez pracownika dodatkowych kosztów (podobnie jak ma to miejsce w sytuacji, gdy samochód jest np. wypożyczany), których to wydatków nie sposób zakwalifikować do wartości nieodpłatnych świadczeń ustalonych w omawianym przepisie.
Często zdarza się, że na skutek zmieniającej się sytuacji gospodarczej, dalsza realizacja zawartej przez spółkę umowy staje się nieracjonalna z ekonomicznego punktu widzenia. W takim przypadku, jeżeli umowa przewiduję prawo do odstąpienia od niej za zapłatą oznaczonej sumy pieniężnej (odstępne), zapłacona kwota, co do zasady, będzie mogła stanowić koszty uzyskania przychodów.
