Uszczelnienie poboru podatku VAT, przede wszystkim w związku z obrotem paliwami ciekłymi, to cel projektu nowelizacji ustawy o VAT, który rząd przyjął podczas posiedzenia w dniu 24 maja. Ministerstwo Finansów szacuje, że budżet zyska na tym rozwiązaniu około 2,5 mld zł rocznie. Nowe regulacje mają obowiązywać od 1 sierpnia 2016 r.
Wprowadzana do Ordynacji podatkowej klauzula przeciwko unikaniu opodatkowania ma dotyczyć zarówno małych, średnich, jak i dużych podatników bez wyjątku, gdy zostanie osiągnięta korzyść podatkowa powyżej określonego progu. Przesłanką do wszczęcia postępowania wobec podatnika będzie zaistnienie podejrzenia dokonania czynności przede wszystkim w celu osiągnięcia korzyści podatkowej. Natomiast wydane indywidualne interpretacje podatkowe nie będą miały mocy ochronnej, jeżeli fiskus uzna, że stanowią element działania zmierzającego do unikania opodatkowania.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej rozsądzi, czy jego korzystne wyroki dają podatnikom prawo do zwrotu nienależnie pobranej daniny, nawet gdy zapadły już po przedawnieniu roszczeń. To niezwykle ważne dla podatników, bo TSUE zwykle orzeka po latach, co może skutkować tym, że część z nich nie odzyska już swoich pieniędzy, mimo że zapłaciła podatek nienależnie.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.