Jedną z fundamentalnych zasad podatku od towarów i usług, jest możliwość odliczenia podatku naliczonego. Dzięki takiemu rozwiązaniu, podatek może być neutralny dla przedsiębiorcy. Co do zasady - prawo do odliczenia nie powinno być ograniczane, ponieważ stanowi podstawową zasadę systemu podatku VAT, co wielokrotnie podkreślał Trybunał Sprawiedliwości (np. wyroku z 8.01.2002 r., C-409/99, Metropol Treuhand WirtschaftsstreuhandgmbH przeciwko Finanzlandesdirektion für Steiermark and Michael Stadler v Finanzlandesdirektion für Vorarlberg, EU:C:2002:2). Zdarzają się jednak sytuacje, gdzie błędy w fakturze mogą spowodować ograniczenie tego prawa – w szczególności, jeżeli taka zostanie uznana za nierzetelną.
Stwierdzenie nabycia przez podatnika pustych faktur w celu uzyskania korzyści podatkowych upoważnia organy do odmówienia mu prawa do odliczenia VAT. Nie oznacza jednak, że na tej podstawie mogą żądać od niego zapłaty VAT z faktur, które on wystawił. Jak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi, to, iż przedsiębiorca kupował puste faktury, nie oznacza, że sam takie wystawiał. Organy muszą to udowodnić.
Minister Finansów wyjaśnił, że w przypadku zaistnienia błędu w numerze NIP nabywcy umieszczonym na paragonie fiskalnym dopuszcza się możliwość wystawienia noty korygującej, zgodnie z art. 106k ustawy o VAT do wystawionej do takiego paragonu faktury albo paragonu fiskalnego będącego fakturą uproszczoną. Jednocześnie Minister sprecyzował, że jako błąd w numerze NIP należy rozumieć oczywistą pomyłkę, na przykład brak jednej cyfry, przestawienie cyfr, bądź pomyłkę w jednej cyfrze. W wypadku popełnienia takiej pomyłki należy wystawić fakturę z takim samym błędnym numerem NIP, jaki znalazł się na paragonie i następnie do tej faktury powinna być wystawiona nota korygującą z prawidłowym numerem NIP. Minister Finansów uznał jednak, że nie można wystawić noty korygującej w przypadku, gdy na paragonie fiskalnym nie umieszczono w ogóle numeru NIP lub podano kompletnie błędny numer NIP, np. 9999999999 lub NIP innego podatnika.
Organ podatkowy uznał, że firma brała udział w karuzeli VAT i zakwestionował wiele działań przedsiębiorcy. Pośród zarzutów mających uzasadnić odmowę prawa do odliczenia VAT znalazł się również taki, że nie dochował on należytej staranności przy przeprowadzaniu transakcji, bo nie poddał swojego dostawcy weryfikacji, uznając go za wiarygodnego na podstawie wieloletniej współpracy. Jak podsumował to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu: „Stwierdzenie takie jest oczywiście sprzeczne z logiką, doświadczeniem życiowym i realiami funkcjonowania obrotu gospodarczego” (wyrok z 17 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 768/19).
Wysokie sankcje za brak oznaczenia „mechanizm podzielonej płatności” na fakturze, gdy należy obowiązkowo zastosować split payment, powodują, że niektórzy podatnicy oznaczają tak każdą fakturę. Zapewne usprawnia to fakturowanie, gdyż zwalnia sprzedawcę z obowiązku analizowania każdej transakcji. Organy podatkowe uznają, że taka praktyka jest nieprawidłowa, ale dozwolona. Problem z fakturami oznaczonymi na wyrost może pojawić się od 1 października 2020 r., gdy sprzedaż objęta obowiązkowym split payment będzie musiała mieć dodatkowo oznaczenie „MPP” w ewidencji zarówno u sprzedawcy, jak i u nabywcy.
Faktury korygujące, jako dokumenty służące doprowadzeniu faktur pierwotnych do stanu, który odzwierciedla faktycznie zrealizowaną transakcję, są powszechnie stosowane w obrocie gospodarczym. W przypadku części z nich ustawodawca zobowiązał sprzedawców do uzyskania potwierdzenia odbioru korekty przez nabywcę. Wymóg ten dotyczy faktur korygujących obniżających podstawę opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Przepisy ustawy nie precyzują jednak, jak takie potwierdzenie powinno wyglądać. Kwestia ta wywołuje zatem często wiele wątpliwości, stając się przedmiotem sporów przedsiębiorców z organami podatkowymi. Pod wpływem orzecznictwa sądów organy podatkowe zaczęły uznawać potwierdzenie dostarczenia e-maila z załączoną fakturą korygującą za wystarczający dowód doręczenia faktury.
Od 1 stycznia 2020 r. fakturę z NIP nabywcy można wystawić do paragonu tylko wtedy, gdy paragon też zawierał NIP nabywcy. Jednocześnie paragony z NIP do 450 zł uznawane są za faktury uproszczone, co zdaniem MF powoduje, że nawet na żądanie nabywcy nie możemy wystawić pełnej faktury. Ostatnio wydana interpretacja sugeruje jednak, że MF zaczyna zmieniać zdanie. Odpowiadając na pytanie podatnika MF uznał, że może on wystawić pełną fakturę do paragonu z NIP nabywcy do 450 zł, pod warunkiem że ten zwróci mu paragon.
Nowa matryca stawek VAT, która weszła w życie 1 lipca 2020 r., nie podnosi stawki podatku na leki weterynaryjne. Niektóre schroniska jednak, jak informują internauci, już podwyższyły ceny za swoje usługi, mimo że podwyżki podatku VAT nie było. Podrożeć natomiast mogą niektóre produkty higieny osobistej.
Gdy sprzedaż dokumentowana jest paragonem gdzie kwota należności ogółem z danej sprzedaży nie przekracza kwoty 450,- zł lub 100,- euro, a nabywcą jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej i niebędąca podatnikiem VAT czynnym oraz rolnik ryczałtowy nieposiadający numeru identyfikacji podatkowej (NIP), które dla tej transakcji nie posłużyły się numerem identyfikacji podatkowej (NIP), na żądanie tych podmiotów, Wnioskodawca nie tylko ma prawo, lecz obowiązek wystawienia faktury do paragonu dokumentującego tą sprzedaż. Tak uznał Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w indywidualnej interpretacji podatkowej z 28 maja 2020 r. Zdaniem ekspertów taka wykładnia tworzy lukę w przepisach, którą wykorzystają oszuści podatkowi.
