Przedsiębiorcy (podatnicy PIT lub CIT) mogą płacić należności rolnikom (także tym, którzy są podatnikami VAT) na dowolny rachunek bankowy bez ryzyka, że poniesione w ten sposób wydatki nie zostaną zaliczone do kosztów uzyskania przychodów. Rolnicy nawet jeżeli są podatnikami VAT, to nie są przedsiębiorcami w rozumieniu ustawy Prawo przedsiębiorców. A w konsekwencji do przedsiębiorców nabywających towary, czy usługi od przedsiębiorców nie ma zastosowania limit transakcji bezgotówkowych, wynikający z art. 15d ustawy o CIT (i analogicznie art. 22p ustawy o PIT).
Całkowita wartość szarej strefy w Polsce wyniosła 10,8% PKB, czyli 229 mld PLN, w 2018 r. Gotówkowa szara strefa stanowiła 9,9% PKB, a resztę (0,9% PKB) stanowiła niemonetarna szara strefa (związana przede wszystkim z produkcją gospodarstw domowych na własny użytek). Straty dla finansów publicznych z tytułu gotówkowej szarej strefy szacowane, w postaci utraconych dochodów z VAT oraz z podatków dochodowych od działalności gospodarczej, szacowane są na 38,4 - 48,8 mld PLN (1,82% - 2,31% PKB w 2018 r.). Tak wynika z badań przeprowadzonych przez EY Polska.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.
Minister Finansów potwierdził, że w podatkach dochodowych (PIT i CIT), sformułowania „podatek od wartości dodanej” i polski „podatek od towarów i usług” stanowią celowościowo synonimy opisujące tę samą daninę. Oznacza to powinność analogicznego stosowania do obydwu pojęć rozwiązań przewidzianych w przepisach ustaw o podatkach dochodowych (ustawa o CIT i ustawa o PIT) z wszelkimi konsekwencjami, w zakresie przychodów i kosztów uzyskania przychodów. Prowadzi to w następstwie, w świetle art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT oraz (odpowiednio) art. 14 ust. 1 ustawy o PIT, do nieuwzględniania w podstawie opodatkowania (stanowiącej przychód netto) podatku od wartości dodanej do celów poboru podatku u źródła, o którym mowa w art. 21 ustawy o CIT i art. 29 ustawy o PIT. Natomiast otrzymanie zwrotu podatku w innym państwie członkowskim w ramach szczególnej procedury VAT-REFUND spowoduje zasadniczo efekt ekonomiczny tożsamy z odliczeniem podatku naliczonego co oznacza, że podatnik nie poniesie ekonomicznego ciężaru podatku.
