W przypadku, gdy podatnik wykazał w deklaracji nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu, może domagać się następnie zliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innego podatku, także takiego, dla poboru którego właściwy jest inny urząd skarbowy niż ten, do którego podatnik ma obowiązek uiścić VAT.
Przepisy podatkowe w Polsce, na Węgrzech, w Rumunii i Rosji są oceniane przez podatników w tych krajach jako najmniej stabilne w Europie. Najlepiej jest pod tym względem w Szwajcarii, Danii, Luksemburgu i Szwecji. 50% respondentów uznaje, że niestabilność systemów podatkowych i częste zmiany prawa niekorzystnie wpływają na ich działalność biznesową. Polska, Rosja i Portugalia to kraje, w których przedsiębiorcy wytoczyli organom podatkowym najwięcej spraw sądowych.