Kompensata wzajemnych wierzytelności nie wyklucza ubiegania się przez podatnika o zwrot podatku w terminie 25 dni. Tym samym, warunek otrzymania przyspieszonego zwrotu nadwyżki podatku, należy uznać za spełniony także wtedy, gdy w miejsce zapłaty należności z faktury, podatnik i wystawca faktury dokonają wzajemnego potrącenia przysługujących im wierzytelności, gdyż kompensata należności jest dopuszczalną prawnie formą rozliczeń.
Rząd, w walce z przestępcami wyłudzającymi podatek, proponuje żeby prokuratura, policja, ABW lub CBA mogły zablokować zwrot VAT przedsiębiorcy nawet na trzy miesiące. Istnieje ryzyko, że takie rozwiązanie będzie nadużywane i ucierpi na nim wiele uczciwych firm - uważa Rada Podatkowa Konfederacji Lewiatan.
Centralny Rejestr Faktur będzie narzędziem do kontroli przedsiębiorców, ich działalności gospodarczej oraz zawieranych transakcji z dokładnością do każdej otrzymanej czy wystawionej faktury. Rejestr ma być bazą faktur, a zatem przedsiębiorcy będą mieli kolejny obowiązek wobec fiskusa, czyli obowiązek przesyłania każdej faktury, w czasie rzeczywistym, do centralnej bazy administracji rządowej.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.