Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
Zdaniem organów podatkowych, jeżeli pracownik zwraca następnie pracodawcy pieniądze za służbową benzynę wykorzystaną do jazd prywatnych, to należy to traktować jak odpłatną dostawę paliwa. A to oznacza, że pracodawca powinien zarejestrować ją w kasie fiskalnej wykazując VAT należny od tej dostawy. Okazuje się jednak, że jest sposób na zwolnienie z VAT (i jednocześnie brak obowiązku instalowania kasy fiskalnej) w tym przypadku. Wystarczy, że firma pobiera od pracownika zryczałtowaną kwotę obejmującą paliwo, jak i inne koszty użytkowania samochodu, np. myjnię czy opłaty za parkingi.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Nota korygująca wymaga akceptacji wystawcy faktury. Zatem, notę korygującą wystawia się w sytuacji gdy faktura lub faktura korygująca zawiera pomyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, lecz tylko wtedy jeśli są wadliwości mniejszej wagi. W związku z tym w sytuacji, gdy na fakturze otrzymanej od dostawcy towaru, bądź świadczącego usługę – obok imienia i nazwiska podatnika i jego numeru identyfikacji podatkowej widnieją błędne dane adresowe, to zainteresowany może wystawić taką notę korygującą, która skoryguje adres widniejący na otrzymanej fakturze, ale także może odmówić wystawienia noty korygującej.
W przypadku gdy podatnik podatku od towarów i usług (VAT) pozwala na korzystanie z jego nieruchomości przez inny podmiot bez tytułu prawnego, może być zobowiązany do zapłaty podatku podatku od towarów i usług (VAT). Co więcej, zdaniem organów podatkowych, obowiązek zapłaty podatku może pojawić się również w przypadku, gdy podatnik nie wiedział, że ktoś bezprawnie korzysta z jego własności.
