Spółka ma obowiązek przechowywać księgi i dokumenty podatkowe za lata podatkowe, w których wykazała stratę, do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. przez okres 5 lat, licząc od końca tego roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku za rok, w którym po raz ostatni została odliczona strata. Do tego czasu zobowiązana jest do przechowywania ksiąg podatkowych i dokumentów za lata, w których odliczana strata wystąpiła, jak również za lata, za które stratę odliczała.
Sądy mają nowy kłopot: co jest kosztem przy sprzedaży akcji lub udziałów, gdy po drodze był jeszcze aport i przekształcenie spółki. Co wyrok, to inny wniosek. Gdyby chodziło o zwykły zakup, a następnie sprzedaż akcji lub udziałów, nie byłoby problemu z ustaleniem kosztów. Ale podatnicy chcą po drodze wnosić je do innej spółki, potem tę przekształcać i dopiero na końcu decydować się na sprzedaż (bądź przymusowe umorzenie). Takie transakcje wymykają się spod regulacji o PIT i CIT – ustawodawca ich po prostu nie przewidział.
Jeżeli spółka użytkuje samochody, od których przysługiwało pełne prawo do odliczeń podatku od rat leasingowych, wynikających z zawartej umowy, to fakt wprowadzenia w tej umowie zmian, w formie aneksu wydłużającego czas trwania umowy, a tym samym obniżający miesięczną ratę leasingową nie ma wpływu na realizację przysługującego jej prawa do odliczania podatku naliczonego. Tym samym podatnik jest uprawniony do pełnego odliczenia podatku VAT z faktur dotyczących rat leasingowych w wydłużonym aneksem okresie.