W zależności od tego, co podatnik zrobi z zyskiem, okres przedawnienia zobowiązań podatkowych skróci się lub przeciwnie ‒ wydłuży. Co więcej, może ono nawet nigdy nie nastąpić. Taki może być skutek nowych przepisów o tzw. estońskim CIT, czyli ryczałcie od dochodów spółek kapitałowych. Projekt zakłada bowiem nie tylko nowe zasady rozliczania się z fiskusem przez firmy o przychodzie nieprzekraczającym 50 mln zł, lecz także specyficzną zasadę przedawniania zobowiązań podatkowych.
W ostatnim czasie zapadły ważne rozstrzygnięcia Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, które mogą istotnie wspomóc argumentację przedstawianą przez podatników w sporze z organami podatkowymi. NSA krytycznie ocenił praktykę urzędników skarbowych polegającą na wszczynaniu postępowań karnych skarbowych jedynie w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Z kolei WSA w Łodzi wskazał, że rozstrzygnięcia organów fiskalnych, np. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu VAT, muszą być należycie uzasadnione i mieć oparcie w realiach sprawy, a swoboda decyzji fiskusa ma swoje granice.
W opinii Rzecznika Praw Obywatelskich przepisy, które służą do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego są niezgodne z Konstytucją. RPO przyłączył się do kolejnej skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami Ordynacji podatkowej. Jeszcze w 2014 r. Rzecznik zaskarżył je do Trybunału Konstytucyjnego, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności, bp przepisy te powodują niepewność obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Zobowiązania podatkowe, w tym również w zakresie VAT, przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jednak specyfika podatku VAT powoduje problemy z ustaleniem terminu przedawnienia, szczególnie gdy rozliczenie kończyło się kwotą zwrotu lub nadwyżką do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, gdyż one też ulegają przedawnieniu. Ponadto nie można automatycznie przyjmować zawsze 5-letniego terminu, gdyż w praktyce ze względu na zawieszenie lub przerwanie często ulega on znacznemu wydłużeniu. Przedawnienie rozliczenia powoduje, że podatnik nie musi przechowywać już dokumentacji za ten okres, a organ nie może żądać zapłaty podatku i dokonywać kontroli rozliczenia. Podatnik nie może natomiast skorygować przedawnionego rozliczenia, wystąpić o zwrot czy nadpłatę za ten okres. Warto zatem wiedzieć, jak ustalać termin przedawnienia w VAT.
Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich zasada demokratycznego państwa prawnego (określona w art. 2 Konstytucji RP) wymaga, aby zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego miało swoje uzasadnienie w stanie faktycznym. Chodzi o to, aby odmiennie traktować podatników, którzy nie popełnili czynu zabronionego oraz tych, którzy takiego czynu się dopuścili. Niezgodne z Konstytucją (wg opinii RPO) są przepisy Ordynacji podatkowej, służące do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki jest wniosek Rzecznika do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami. Już w 2014 r. RPO zaskarżył te przepisy do TK, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności - dotąd TK nie wydał orzeczenia w tej sprawie. RPO uważa, że przepisy te skutkują niepewnością obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Złożenie tzw. czynnego żalu pozwala uniknąć kary za przestępstwo lub wykroczenie skarbowe i jest rozwiązaniem często stosowanym, ale wielu zainteresowanych robi to nieprawidłowo. Nie brakuje osób, które o popełnionych czynach zawiadamiają poprzez ePUAP lub za pomocą e-maila. Ale urzędnicy uznają tę formę za nieskuteczną. Zawiadomienie należy złożyć na piśmie lub ustnie do protokołu. Jednak eksperci podkreślają, że czynny żal jest potrzebny zarówno z punktu widzenia podatników, jak również organów skarbowych. Dlatego w obopólnym interesie warto pomyśleć o tym, żeby szerzej dopuścić zgłaszanie tego typu spraw przez elektroniczne narzędzia.
Ministerstwo Sprawiedliwości zaproponowało zmiany w kodeksie karnym skarbowym. Wprowadzenie ich w życie oznaczałoby m.in. podwyższenie najniższych kar grzywny (z 10 do 20 stawek dziennych), wprowadzenie wyższych sankcji, rozszerzenie katalogu przypadków, kiedy możliwe jest orzeczenie zakazu prowadzenia określonej działalności, wydłużenie okresów przedawnienia karalności, a także wprowadzenie nowych przestępstw.
Podatnicy, którym grozi odpowiedzialność karna skarbowa, mogą się od niej uwolnić, składając tzw. czynny żal. Czynny żal to zawiadomienie właściwego organu o popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia skarbowego. Złożony prawidłowo, uwalnia od kary za nie. Jeżeli zatem podatnik np. nie złoży w terminie deklaracji podatkowej, to przekazanie czynnego żalu do urzędu skarbowego uchroni go przed zapłatą kary finansowej.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.