Po 1 lipca 2016 r. urzędy skarbowe będą przeprowadzać kontrole skarbowe elektronicznie, z wykorzystaniem Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Zmiany te wymagają od firm dostosowania swoich systemów informatycznych, które od tego momentu będą musiały generować taki dokument. To jednak tylko połowa sukcesu, bo kluczowe jest to, żeby JPK nie zawierał błędów. Przedsiębiorcom potrzebne są więc narzędzia, które pozwolą im sprawdzić dokument przed wysłaniem do urzędu skarbowego.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
W komunikacie prasowym wystosowanym 19 grudnia 2015 roku MF poinformowało, że II kwartał 2016 r. obfitować będzie w kontrole podatkowe, które nakierowane będą na podmioty niepłacące w latach ubiegłych podatku CIT pomimo znacznej dynamiki osiąganych przychodów. Ministerstwo wskazało jednocześnie na możliwość uniknięcia negatywnych konsekwencji planowanych kontroli. Poprzez złożenie odpowiednich korekt przed planowaną akcją kontroli, podatnicy nie tylko unikną nieprzyjemności związanych z postępowaniem podatkowym, ale także zapłacą o połowę mniejsze odsetki od zaległości fiskalnych. Warto w tym miejscu zastanowić się jednak, czy wskazana zachęta odnosi się jedynie do nieprawidłowości związanych z rozliczaniem podatku dochodowego w kontekście cen transferowych.
Strach, a czasem nawet panika – takie emocje bardzo często towarzyszą przedsiębiorcom, którzy otrzymują zawiadomienia, że firma zostanie poddana kontroli podatkowej. Warto jednak mieć świadomość, że właściwa reakcja na fakt kontroli, rzutuje na cały jej przebieg. W związku z tym istotne jest, aby unikać błędów popełnianych podczas początkowych etapów kontroli podatkowej.