Spółka ma obowiązek przechowywać księgi i dokumenty podatkowe za lata podatkowe, w których wykazała stratę, do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. przez okres 5 lat, licząc od końca tego roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku za rok, w którym po raz ostatni została odliczona strata. Do tego czasu zobowiązana jest do przechowywania ksiąg podatkowych i dokumentów za lata, w których odliczana strata wystąpiła, jak również za lata, za które stratę odliczała.
Sądy mają nowy kłopot: co jest kosztem przy sprzedaży akcji lub udziałów, gdy po drodze był jeszcze aport i przekształcenie spółki. Co wyrok, to inny wniosek. Gdyby chodziło o zwykły zakup, a następnie sprzedaż akcji lub udziałów, nie byłoby problemu z ustaleniem kosztów. Ale podatnicy chcą po drodze wnosić je do innej spółki, potem tę przekształcać i dopiero na końcu decydować się na sprzedaż (bądź przymusowe umorzenie). Takie transakcje wymykają się spod regulacji o PIT i CIT – ustawodawca ich po prostu nie przewidział.
Pracodawca zatrudniając pracownika i naliczając wynagrodzenie, jest zobligowany uwzględnić w nim, w formie zryczałtowanej, koszty uzyskania przychodu zgodnie z ustawą o podatku od osób fizycznych z dn. 26 lipca 1991 r. zwaną dalej „ustawą o PIT”. Koszty uzyskania przychodu są nieodzownym elementem, który jest niezbędny do prawidłowego ustalenia wysokości należnego podatku, a co za tym idzie kwoty netto wynagrodzenia. Wysokość tych kosztów jest uzależniona od kilku czynników takich jak np. miejsce zamieszkania lub forma zatrudnienia.