Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Przychodem do opodatkowania zryczałtowanym podatkiem dochodowym są otrzymywane kwoty czynszu. Składnikiem przychodu osiąganego z najmu przez wynajmującego nie będą natomiast ponoszone przez najemcę wydatki (opłaty) związane z przedmiotem najmu (np. opłaty związane z lokalem takie jak: czynsz uiszczany w spółdzielni lub wspólnocie mieszkaniowej, opłata za wodę, energię elektryczną, gaz), jeżeli z umowy wynika, że najemca jest zobowiązany do ich ponoszenia.
Zgodnie art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT, zasady proporcjonalnej alokacji kosztów uzyskania przychodów nie będą miały zastosowania do przychodów uzyskanych z dywidend od spółek zależnych. Przepisy art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT mają zastosowanie w sytuacji, gdy podstawą opodatkowania jest dochód, natomiast w myśl art. 22 ustawy CIT podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym w przypadku dywidend jest przychód. Oznacza to, że przychody z tytułu dywidend otrzymanych od spółek zależnych nie powinny być ujęte ani wśród „przychodów ze źródeł, z których dochody podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym” lub „przychodów ze źródeł, z których dochody nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym lub są zwolnione z podatku dochodowego” (w liczniku proporcji), ani w „ogólnej kwocie przychodów” (w mianowniku proporcji).
Urzędy skarbowe z reguły nie kwestionują zaliczanie do kosztów uzyskania przychodów wydatków na leasing klimatyzatora montowanego w siedzibie firmy, czy pomieszczeniach, gdzie jest wykonywana działalność gospodarcza. Jednak w sytuacji, gdy siedzibą podatnika lub pomieszczeniami, gdzie jest wykonywana działalność jest mieszkanie, czy dom podatnika mogą pojawić się wątpliwości. Nie można bowiem zaliczyć do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w celach osobistych.
Małżonkowie, między którymi istnieje wspólność majątkowa, dochody z najmu składników majątku wspólnego rozliczają podatkowo po połowie, zarówno w przypadku opodatkowania według skali, jak i ryczałtem od przychodów ewidencjonowanych. Mogą jednak złożyć do urzędu skarbowego oświadczenie, że dochody/przychody te będzie rozliczać tylko jeden z małżonków.
Zmianie ulegnie definicja produktów rolnych, obejmując wszystkie towary pochodzące z działalności rolniczej rolnika ryczałtowego oraz produkty roślinne i zwierzęce przetworzone w sposób inny niż przemysłowy. W efekcie poszerzony zostanie katalog produktów rolnych, przykładowo, o orzeszki ziemne, kiwi, owoce tropikalne i podzwrotnikowe czy rośliny wykorzystywane w przemyśle perfumeryjnym lub farmacji.
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.
