Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Dokonanie wyboru optymalnej formy otrzymywania wynagrodzenia przez wspólnika spółki z o.o. powinno być poprzedzony gruntowną analizą. W szczególności należy brać pod uwagę relacje pomiędzy wspólnikiem a spółką, m.in. to, czy wspólnik zamierza na rzecz spółki świadczyć usługi lub dostarczać rzeczy, czy chce być objęty systemem ubezpieczeń społecznych, a także czy wspólnikowi bardziej zależy na stałości własnych dochodów, czy na rozwoju spółki.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.