Polski podatnik, który jest zobowiązany do rozliczenia WNT, zazwyczaj wykazuje podatek należny w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura. W rozliczeniu za ten sam okres może odliczyć VAT naliczony, gdy zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Problem pojawia się, gdy otrzymuje fakturę od zagranicznego kontrahenta z opóźnieniem. Po zmianach od 2017 r. takie opóźnienie w pewnych przypadkach będzie niosło ze sobą również konsekwencje finansowe.
Kompensata wzajemnych wierzytelności nie wyklucza ubiegania się przez podatnika o zwrot podatku w terminie 25 dni. Tym samym, warunek otrzymania przyspieszonego zwrotu nadwyżki podatku, należy uznać za spełniony także wtedy, gdy w miejsce zapłaty należności z faktury, podatnik i wystawca faktury dokonają wzajemnego potrącenia przysługujących im wierzytelności, gdyż kompensata należności jest dopuszczalną prawnie formą rozliczeń.
Rząd, w walce z przestępcami wyłudzającymi podatek, proponuje żeby prokuratura, policja, ABW lub CBA mogły zablokować zwrot VAT przedsiębiorcy nawet na trzy miesiące. Istnieje ryzyko, że takie rozwiązanie będzie nadużywane i ucierpi na nim wiele uczciwych firm - uważa Rada Podatkowa Konfederacji Lewiatan.