Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Czy może być zaliczany do kosztów uzyskania przychodu nieodliczony VAT w związku z nieprowadzeniem ewidencji przebiegu pojazdu dla celów VAT i niezgłoszeniem samochodu naczelnikowi urzędu skarbowego informacją VAT-26? Organy podatkowe wskazują, że jeżeli podatnik ma prawo do odliczenia VAT, ale z niego nie skorzysta, to taki VAT naliczony nie może zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodu. Samochody (środki trwałe) wykorzystywane są wyłącznie do działalności gospodarczej, ale ze względu na dodatkowe obowiązki związane z prowadzeniem ewidencji przebiegu pojazdu podatnik zrezygnował z możliwości odliczania 100% VAT od wydatków i będzie odliczał tylko 50% VAT. Czy rezygnacja z odliczenia 100% VAT oznacza nieskorzystanie z prawa do odliczenia VAT, a co za tym idzie - do nieuznania 50% VAT za koszt podatkowy?
Regulacje na gruncie VAT nie określają precyzyjnie, co należy rozumieć przez „zmianę wykorzystywania pojazdu samochodowego”, niemniej jednak pojęcia tego ustawodawca używa zasadniczo w kontekście związku pojazdów samochodowych z prowadzoną działalnością. W tym względzie przepisy dotyczące VAT określają, że pojazdy samochodowe mogą być wykorzystywane wyłącznie w celach prowadzonej działalności gospodarczej, lub do celów mieszanych, tj. zarówno do celów związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą jak też do innych celów, na przykład prywatnych potrzeb pracowników.